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85 个样本
古DNA论文

过去 6000 年来,北部沿海人群充当了东亚基因流动的桥梁

East Asian Gene flow bridged by northern coastal populations over past 6000 years

山东地区的东北亚沿海地区在过去 10,000 年中经历了复杂的文化变迁,促进了东亚大陆内陆地区与日本列岛等岛屿之间的人口互动。为了研究山东人口如何随时间变化并与岛屿和内陆东亚人口互动,我们对山东地区 11 个古代遗址的 85 个个体进行了测序,这些遗址的历史可以追溯到约 6000-1500 年前。我们发现,与山东人口相关的血统可能解释了日本列岛弥生时代后人群中观察到的大陆东亚血统,尤其是约 2800 年前后居住在琉球群岛的近期人群。在山东地区,我们观察到至少约 7700 年前该地区的北部和南部人群的基因流动,以及在大汶口文化时期(6000-4600 BP)和早王朝时期(3500-1500 BP)与内陆黄河人群相关的两波基因流动进入山东地区。重建东亚北部沿海地区新石器时代、青铜时代和铁器时代人群的遗传历史,显示了南北和东西(内陆-沿海-岛屿)尺度上的基因流动。

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31 个样本
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从新石器时代晚期至铁器时代古人类基因组推断中原和海岱地区的动态历史

Dynamic history of the Central Plain and Haidai region inferred from late Neolithic to Iron Age ancient human genomes

由于古代基因组数量有限,黄河流域 (YR) 的人口历史仍未被充分探索。我们的研究通过联合分析先前发表的基因组和 31 个新生成的晚期新石器时代至铁器时代的基因组,揭示了黄河流域的人口动态历史,这些基因组来自黄河流域下游的山东和黄河流域中部的中原地区。我们的分析揭示了新石器时代晚期龙山文化时期山东和中原地区的人口结构。我们提供了一个遗传学上的平行数据,以证明龙山时期中、下游的稻作农业显著增加。然而,龙山时期与稻作农民相关的基因流并没有从中原的禹庄遗址或先前发表的山东群体中成群出现。青铜时代的二里头文化基因组验证了中原地区的遗传稳定性以及中原地区和山东之间的相对遗传同质性。

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2 个样本
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英格兰多塞特郡后罗马遗址沃斯马特拉弗斯的 DNA

Dna from post-roman site worth matravers in dorest england

在考古记录中,亲属关系的证据可能很难辨别。在这里,我们使用古代 DNA 来研究多塞特郡沃斯马特拉弗斯后罗马时期遗址的生物相关性和可能的​​亲属关系。我们发现,生物亲属和社会亲属关系都与埋葬模式有关,但生物亲属关系几乎完全与母系血统有关。虽然大多数人都有当地的英国血统,但有些人带有欧洲大陆的血统,而一名按照当地习俗埋葬的年轻男性则带有近期西非血统,这凸显了中世纪早期英国的多元文化遗产。

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56 个样本
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铁器时代英国的大陆移民涌入和母系居住现象

Continental influx and pervasive matrilocality in Iron Age Britain

我们在这里分析了来自杜罗特里格墓葬遗址的 57 个古代基因组,发现了一个以单一母系为中心的扩大亲属群体,无关的(可能是向内迁移的)墓葬主要以男性为主。

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722 个样本
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尽管存在共同的阿瓦尔时期文化,古代 DNA 仍揭示出生殖障碍

Ancient DNA reveals reproductive barrier despite shared Avar-period culture

722 个个体的古代基因组数据以及维也纳南部(奥地利)邻近大型公元七至八世纪墓地的细粒度跨学科分析

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28 个样本
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巴黎盆地(法国)新石器时代早期和中期人类的古遗传学研究

Paleogenetic study of Early and Middle Neolithic humans from the Paris Basin (France)

在这里,我们提供了来自巴黎盆地(法国)人类样本的古基因组数据。这些个体可以追溯到早期(公元前 5100 年 - 公元前 4800 年)和中新石器时代(公元前 4800 年 - 公元前 4000 年)。它们被发现于 7 个不同的考古遗址:Balloy-les-Réaudins、Gron-les-Sablons、Marolles-sur-Seine(lesCarrières-et les-Taupes)、Orville-les-Fiefs、Passy-la-Sablonnière、Vignely-la-Porte-aux-bergers。中新石器时代样本属于 Cerny 年代文化背景。

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揭秘粟特人的起源:古代中亚与东亚人基因混合的证据

Unraveling the Origins of the Sogdians: Evidence of Genetic Admixture between Ancient Central and East Asians

丝绸之路是一条连接中国与西方的古代贸易路线,促进了不同文明之间的商品、思想和文化习俗交流。粟特人是丝绸之路沿线的著名商人,以商人、工匠和艺人的角色而闻名。他们移居中国,形成了持久的社区,并繁衍了多代后代。尽管粟特人具有历史重要性,但关于其起源及其与当地人口互动的主要书面记录却非常有限。在这项研究中,我们为来自固原墓地唐代(公元 618-907 年)联合墓葬(M1401)的两个古代个体生成了全基因组数据。据我们所知,这是从粟特人群中获得的第一个古代基因组数据。我们的结果表明,女性个体表现出当地血统,而男性则携带当地血统和与中亚巴克特里亚-马尔吉亚纳考古群 (BMAC) 相关的其他遗传成分。这大约在 18 代前被引入当地基因库。结合历史、考古和遗传分析,我们得出结论,这两个人可能是夫妻。我们的研究结果表明,粟特人最初前往中国进行贸易,定居下来,与当地居民通婚,并在丝绸之路贸易中扮演了重要的中间人角色。这项研究强调了公元前一千年末粟特人在促进希腊化世界与秦汉王朝之间的联系方面的重要性,强调了早期粟特人的身份特征,这些特征先于他们后来成为丝绸之路的主要商人。

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波哥大高原长达 6000 年的基因组横断面揭示了哥伦比亚人口历史中的多次基因转变

A 6,000-year-long genomic transect from the Bogotá Altiplano reveals multiple genetic shifts in the demographic history of Colombia

对美洲原住民的遗传学研究彻底改变了我们对美洲人口历史的理解。然而,迄今为止尚未通过古代基因组学研究过的地区是哥伦比亚,它是进入南美洲的入口。在这里,我们报告了 6,000 至 500 年前哥伦比亚波哥大高原 21 名个体的全基因组数据。我们发现,陶器时代之前的狩猎采集者代表了一种以前未知的、源自最初南美辐射的基底谱系。这些狩猎采集者与古代北美群体没有差异亲和力,也没有在遗传上对古代或现在的南美人群做出贡献。到 2,000 年前,当地血统被与埃雷拉陶器群有关的中美洲人群所取代,尽管发生了重大的文化变革,但仍然在穆伊斯卡时期幸存下来。这些古老的高原个体与来自地峡的奇布查语使用者表现出比与哥伦比亚土著人更高的亲和力,这表明在随后的分散事件中,奇布查语相关血统的血统被稀释了。

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东马格里布新石器时代采集者祖先的高度连续性

High continuity of forager ancestry in the Neolithic of the eastern Maghreb

地中海地区的古代 DNA 揭示了与粮食生产经济体扩张相关的远距离联系和人口转变。然而,与欧洲不同,北非这一关键转变的基因数据有限,而且只有来自最西部的马格里布(摩洛哥)的基因数据可用。在这里,我们展示了阿尔及利亚和突尼斯从晚石器时代 (LSA) 到新石器时代的九个人的全基因组数据。最早的个体与西马格里布(约 15000-7600 BP)的新石器时代前的人聚集在一起,表明这个“马格里布”血统谱具有相当大的地理和时间范围。至少有一个来自 Djebba(突尼斯)的个体,可追溯到约 8000 BP,拥有欧洲狩猎采集者的血统,可能反映了全新世早期穿越西西里海峡的运动。后来,来自东马格里布的新石器时代人群保留了大部分当地的采集者血统,同时还带有来自欧洲农民(约 7000 年前)和黎凡特人群(约 6800 年前)的较小贡献,因此与新石器时代地中海其他地区的人群相比,他们受到的外部基因流动的影响要小得多。

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最早的现代人类基因组限制了尼安德特人混合的时间

Earliest modern human genomes constrain timing of Neanderthal admixture

现代人类在 45,000 多年前抵达欧洲,与尼安德特人至少重叠了 5,000 年 1,2,3,4。这些早期现代人类的有限基因组数据显示,至少有两个基因上不同的群体居住在欧洲,以捷克的 Zlatý kůň3 和保加利亚的 Bacho Kiro2 为代表。在这里,我们通过分析来自德国拉尼斯 Ilsenhöhle 约 45,000 年历史的遗骸的一个高覆盖率基因组和五个低覆盖率基因组以及来自 Zlatý kůň 的另一个高覆盖率基因组来加深对早期现代人类的了解。我们发现远亲关系将拉尼斯和 Zlatý kůň 个体联系在一起,并且他们属于同一个小而孤立的群体,该群体代表了与非洲之外血统最深的已知分裂。拉尼斯基因组包含尼安德特人片段,这些片段源自与所有非洲以外人共同的一次混合事件,我们将其追溯到大约 45,000-49,000 年前。这意味着迄今为止测序的所有非洲以外人的祖先当时都生活在一个共同的人群中,并进一步表明来自非洲以外 50,000 多年前的现代人类遗骸代表了不同的非洲以外人群。

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秘鲁北海岸莫切精英墓葬的家庭关系(~500 CE):对塞尼奥拉·德·考及其亲属的分析

Family relations of Moche elite burials on the North Coast of Peru (~500 CE): Analyses of the Señora de Cao and relatives

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新石器时代早期以来黄河下游流域基因组动态, 中国山东省距今 5396-1345 年的 69 个个体

Genomic dynamics of the Lower Yellow River Valley since the Early Neolithic

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250 个样本
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中欧第一批农民的社会和遗传多样性

Social and genetic diversity in first farmers of central Europe

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34 个样本
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亚美尼亚人口的人口历史和遗传变异

Demographic history and genetic variation of the Armenian population

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1 个样本
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来自沙特个体的参考质量、完全注释的二倍体基因组

A reference quality, fully annotated diploid genome from a Saudi individual

我们使用了多种测序方法对来自沙特阿拉伯的一名志愿者的基因组进行测序。我们使用所得数据生成基因组的从头组装,并使用不同的计算方法来完善组装。因此,我们提供了来自沙特阿拉伯的一名个体的所有染色体(除 Y 染色体外)的完整基因组的连续组装,并将此组装标记为 KSA001。我们将基因组注释从参考基因组转移以对 KSA001 进行完整注释,并使用 FAIR 数据原则将所有主要测序数据、组装和基因组注释免费提供给公共数据库。KSA001 是第一个来自沙特个体的端粒到端粒组装基因组,可免费用于任何目的。

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17 个样本
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从古人类基因组推断唐代中国东部东西方混血现象

East and West admixture in eastern China of Tang Dynasty inferred from ancient human genomes

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102 个样本
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皮塞纳文化的基因组图谱为意大利铁器时代和罗马帝国在意大利中部的遗产提供了新的见解

The genomic portrait of the Picene culture provides new insights into the Italic Iron Age and the legacy of the Roman Empire in Central Italy

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53 个样本
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从古人类基因组推断人口从中原向北部沿海扩张 - 山东淄博青蓝府古人

Population expansion from Central Plain to northern coastal China inferred from ancient human genomes

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