古DNA研究前沿

古DNA论文

对克罗地亚穆尔萨罗马城 3 世纪集体墓穴中人类遗骸进行多学科研究

Multidisciplinary study of human remains from the 3rd century mass grave in the Roman city of Mursa, Croatia

Mario Novak · PLOS One

2011年的考古发掘中，在罗马时期古城穆尔萨（今克罗地亚奥西耶克）遗址发现了一个奇特的考古遗迹，该遗迹代表着一个集体墓穴，其中埋葬着七具保存完好的骸骨。考古背景和直接放射性碳测年表明，这些遗骸的埋葬年代为公元3世纪中叶。生物考古学分析表明，这七具遗骸均为成年男性，且伴有大量病理病变（例如肌腱病、损伤）。碳和氮稳定同位素分析表明，他们的饮食以C3/C4混合植物为主，陆生动物蛋白摄入量有限，海洋蛋白摄入量也非常有限。古DNA分析表明，穆尔萨集体墓穴中遗骸的祖先血统复杂。他们中没有一人与当地早铁器时代人群表现出遗传连续性。对穆尔萨万人坑进行的跨学科分析强烈表明，所研究的个体是罗马士兵，他们是“三世纪危机”导致的灾难性事件的受害者，最有可能是公元 260 年的穆尔萨战役。

古DNA论文

古DNA揭示泥河湾盆地东部新石器时代晚期的复杂人口历史

Ancient DNA reveals the complex demographic history of the late neolithic age in the Eastern Nihewan basin

Jiawei Li · Archaeological and Anthropological Sciences

泥河湾盆地是探索东亚早期人类起源与演化的关键地区，其东部在历史上是中原与北方古代文化交流的重要地带。为研究该地区从新石器时代晚期到青铜时代的人群迁徙与混合，我们选取姜家梁遗址10名新石器时代晚期个体和三关遗址4名青铜时代个体开展全基因组测序，经过初步筛选后，将其中9名个体的基因组用于遗传分析。 结果显示，姜家梁古代个体与黑龙江流域、西辽河流域及欧亚草原东部的新石器时代人群具有密切遗传联系。相比之下，三关人群具有不同的遗传组成，受到东亚南部和东南亚人群更明显的影响。 泥河湾盆地东部独特的地理位置，使来自不同区域和文化背景的人群在新石器时代晚期至青铜时代持续接触交流。研究该地区复杂的人口历史，有助于理解其与西辽河流域、草原地区及中国北方中原地区之间的文化联系。

古DNA论文

古代基因组揭示了青藏高原南部地区基础亚洲血统和随时间推移的人口动态互动

Ancient genomes reveal Basal Asian ancestries and dynamic population interactions over time on the southern Tibetan Plateau

Jingkun Ran · iScience

在本研究中，我们从最近发掘的马布错遗址获得了 16 个新测序的基因组，时间跨度从 4400 到 3500 年前。

古DNA论文

古DNA揭示长江以北地区人群互动及新石器时代父系社会

Ancient DNA reveals the population interactions and a Neolithic patrilineal community in Northern Yangtze Region

Tingyu Yang · Nature Communications

早期稻作种植者古代基因组的匮乏阻碍了我们对其遗传图谱及其与粟作种植者动态互动的理解。本研究分析了来自八里岗的58个古代基因组。八里岗是位于长江中游流域北缘的一个长期聚落，其时代跨越新石器时代中期至青铜时代晚期。这组按年代分层的遗传数据集为早期稻作种植人群提供了全面的基因组学见解，增进了我们对东亚人口历史的理解。我们的研究表明，八里岗经历了多次族群融合，以距今约4200年前为关键转折点，标志着东亚南部人群的基因组大规模流入。我们还鉴定了多代二次埋葬中详细的亲属关系，以及五千年前父系社群的存在，为理解史前中国早期社会结构提供了新的视角。

古DNA论文

板墓扩张扰乱了蒙古中部不同青铜时代牧民的长期共存

Slab Grave expansion disrupted long co-existence of distinct Bronze Age herders in central Mongolia

Juhyeon Lee · Nature Communications

奶牛畜牧业在青铜时代早期（EBA）随着迁徙的牧民传入蒙古，并在青铜时代晚期（LBA）蓬勃发展，其文化多元的群体与鹿石-基里格苏尔遗址（DSKC）和人字形/乌兰祖赫墓葬相关。尽管畜牧业的传播已被广泛研究，但不同文化的牧民群体之间的互动仍未得到充分探索，这主要是由于获取基因组和文化数据的挑战。在本研究中，我们分析了蒙古中部30个古代个体的全基因组和文化数据，中部是拥有不同丧葬习俗的牧民群体汇聚的关键地区。我们观察到在LBA时期，两个不同的基因簇持续存在，分别对应于DSKC和人字形墓葬，这表明尽管它们共存，但混合有限，文化差异仍然得以保留。这些基因和文化特征最终在铁器时代早期被与新兴的板状墓葬传统相关的人口扩张所取代。最后，我们进一步完善了LBA DSKC人群的遗传起源，将其少数西欧亚血统追溯至铜石时代/EBA阿法纳谢沃和克姆采格（切穆尔切克）人群。这项研究对蒙古史前时期的重大变迁进行了精细的遗传追踪，为理解塑造古代游牧社会的复杂而多元的进程提供了新的视角。

古DNA论文

古代肠炎沙门氏菌的进化史和反复宿主适应

Evolutionary history and recurrent host adaptation in ancient Salmonella enterica

肠炎沙门氏菌（Salmonella enterica subsp. enterica）是一种极其多样化的细菌病原体，可导致人类群体中频繁发生的感染和食源性疾病。目前已描述的菌株（血清型）超过1500种，其中许多具有广泛的宿主范围。少数血清型能够感染特定宿主：例如，伤寒沙门氏菌（Typhi）和甲、乙、丙型副伤寒沙门氏菌（Paratyphi A、B、C）可引起灵长类动物特异性全身感染（伤寒和副伤寒）。尽管丙型副伤寒沙门氏菌是目前最罕见的人类特异性血清型之一，但它曾经广泛分布，迄今为止发表的所有古代沙门氏菌基因组均属于该谱系或其祖先。本文介绍了53个新的古代沙门氏菌基因组，这些基因组分布于欧亚大陆，年代介于公元前3500年至公元1300年之间。这一丰富的基因组数据集使我们能够以前所未有的细节重建该病原体的进化史。我们鉴定了多个已灭绝的史前谱系，这些谱系曾在整个欧亚大陆引起感染。在史前和历史时期，我们观察到多次谱系更替事件，并利用贝叶斯系统发育分析来确定该谱系内宿主适应事件的发生时间和发生时间。我们发现，宿主适应性亚谱系副伤寒沙门氏菌C、猪霍乱沙门氏菌和猪伤寒沙门氏菌彼此独立地持续演化宿主特异性。通过分析共享的假基因以及反复出现的基因获得和丢失事件，我们重建了所研究谱系和其他宿主适应性菌株中趋同宿主适应的信号。该分析表明，宿主相互作用是选择的特定目标，突显了该肠沙门氏菌谱系对人类的逐步适应，这与畜牧社会和定居农业社会中畜牧业的集约化发展相吻合。

古DNA论文

考古遗传学分析揭示了伊河淖尔遗址鲜卑贵族的基因组亚结构和亲属关系习俗

Archaeogenetic analysis sheds light on genomic substructure and kinship practices of Xianbei nobles from the Yihe Nur site

Jiashuo Zhang · Archaeological and Anthropological Sciences

鲜卑联盟是历史上记载的中国北方众多游牧民族中最强大的一个。它在古代中国乃至更广阔的欧亚地区的政治、军事和历史格局中发挥着举足轻重的作用。近年来，关于鲜卑的研究，尤其是对鲜卑平民的研究，揭示了他们的起源和迁徙模式。然而，鲜卑贵族的基因结构及其亲属关系仍未得到充分了解。本研究成功获取了内蒙古伊河淖尔遗址一座鲜卑贵族家族墓葬中埋葬的四位古代个体的基因组数据。据我们所知，这是首次从鲜卑贵族身上获取古代基因组数据。此外，我们还从同一遗址出土的一位辽代个体身上获得了新的基因组数据。我们发现，鲜卑贵族普遍携带着与早期鲜卑人群相关的血统成分。然而，一名女性贵族表现出来自东亚南部人群的主要基因特征，只有少量来自早期鲜卑血统的贡献，这表明鲜卑贵族与其他东亚群体之间存在潜在的人口相互作用和遗传影响。我们还发现了鲜卑贵族之间的亲子关系，他们被埋葬在很近的地方，这意味着遗传亲属关系可能在塑造鲜卑丧葬习俗方面发挥了作用。然而，在 YHNE5 墓道中埋葬的一名女仆被发现与墓主人没有遗传关系。此外，在同一遗址出土的一件辽代遗体与来自中国中原的农业人群表现出显著的遗传亲缘关系，这表明从鲜卑到辽代时期，鲜卑人在遗传上受到了中国南方的影响。

古DNA论文

阿根廷一个此前未知的世系延续了八千年

Eight millennia of continuity of a previously unknown lineage in Argentina

Javier Maravall-López · Nature

南美洲中部南锥体是地球上最后有人居住的地区之一，但在古代 DNA 中却代表性不足。我们从 238 个古代个体中获得了新的全基因组数据，跨越一万年。最古老的个体来自潘帕斯草原地区，可追溯到距今 10000 年前，与中全新世南锥体个体具有明显的遗传亲缘关系，表明此时已开始与中安第斯山脉和巴西中东部地区分化。可追溯到 4600-150BP 的个体主要来自一个迄今未采样的深层谱系，其最早的代表是可追溯到约 8500BP 的个体。这个阿根廷中部谱系在全新世中期与另外两个谱系共存，在阿根廷中部，这个谱系持续了数千年，没有跨区域迁徙的证据。阿根廷中部谱系参与了三次不同的基因流动：它在 3300BP 时混入潘帕斯草原，并在 800BP 后成为那里的主要成分；在阿根廷西北部，有中安第斯山脉血统；在格兰查科地区，有热带和亚热带森林血统。在阿根廷西北部，近亲联姻的比例在距今1000年前有所增加，与中安第斯山脉的情况相似。在巴拉那河流域，一位距今400年前的、与瓜拉尼考古学联系密切的个体与巴西群体聚集在一起，这与当时瓜拉尼人的存在相符。

古DNA论文

古代基因组揭示摩拉维亚人群向斯拉夫相关群体的转变

Ancient genomes provide evidence of demographic shift to Slavic-associated groups in Moravia

Ilektra Schulz · Genome Biology

古DNA论文

古代基因组将大规模迁徙与斯拉夫人的传播联系起来

Ancient DNA connects large-scale migration with the spread of Slavs

Joscha Gretzinger · Nature

公元前一千年的后半叶，中欧和东欧经历了根本性的文化和政治变革。这一变革时期通常与斯拉夫人的出现联系在一起，这得到了文献证据1,2的支持，也与类似考古学层面的出现相吻合3,4,5,6。然而，迄今为止，对于这一考古学层面是通过迁徙、斯拉夫化还是两者兼而有之而传播的，尚未达成共识。基因数据仍然稀少，尤其是由于斯拉夫人定居早期普遍采用火葬习俗。本文提供了来自555名古代个体的全基因组数据，其中包括359个来自斯拉夫人背景的样本，最早可追溯到公元7世纪。我们的数据显示，在公元6世纪至8世纪期间，东欧发生了大规模人口迁移，取代了德国东部、波兰和克罗地亚80%以上的当地基因库。然而，我们也发现了显著的区域异质性，以及缺乏性别差异的混合，这表明原住民的文化同化程度各不相同。通过比较考古学和遗传学证据，我们发现东德血统的变化与社会组织的变迁相吻合，其特征是站点间和站点内的遗传关联性以及父系居住关系的加强。从欧洲层面来看，六世纪至八世纪物质文化和语言的变化似乎与这些大规模的人口流动有关。

古DNA论文

伊比利亚东北部骨灰瓮文化定居点集体坟冢中的青铜时代末期社区基因组研究

Genomic insights from a final Bronze Age community buried in a collective tumulus in an Urnfield settlement in Northeastern Iberia

Marina Bretos Ezcurra · Communications Biology

古DNA论文

哈萨克斯坦东部古代基因组揭示了内欧亚狩猎采集者的动态遗传遗产

Ancient genomes from eastern Kazakhstan reveal dynamic genetic legacy of Inner Eurasian hunter-gatherers

Haechan Gill · Science Advances

古基因组研究正逐渐揭示欧亚大陆草原和泰加林地区史前狩猎采集者的多样化遗传图谱，以及他们随时间推移的动态种群变化。然而，由于空间和时间样本覆盖稀疏，史前内亚狩猎采集者的遗传历史仍然不完整，尤其是在哈萨克斯坦东部，欧亚草原与萨扬-阿尔泰山地森林和内亚山地走廊的交汇处。本文报告了来自哈萨克斯坦东部额尔齐斯河上游地区科肯遗址的21个古代个体的全基因组数据，其中包括两个新石器时代早期（EN）狩猎采集者和19个青铜时代中晚期（MLBA）游牧民。我们发现这两个EN个体的遗传图谱存在差异，但同时也是二级亲属，这表明来自遗传上不同的狩猎采集者群体的个体之间已经形成了融合。他们在基因上与额尔齐斯河流域后期的新石器时代个体最为相似，而来自托博尔-伊希姆河西部地区的同期狩猎采集者与来自鄂毕河上游东部地区的狩猎采集者则拥有截然不同的基因图谱，这表明河流地理环境可能在构建内亚狩猎采集者群体方面发挥了作用。科肯早期巴氏链状体（MLBA）个体在基因上与属于安德罗诺沃文化层位的其他早期巴氏链状体（MLBA）个体相似，而两个基因异常值则表明，这些个体与当地人群的混合轨迹截然不同，并持续到早期巴氏链状体（MLBA）时期。这些发现阐明了内亚狩猎采集者的动态群体结构及其在后续游牧人群中的遗传遗产。

古DNA论文

汉代黄河下游人群的基因组形成

Genomic formation of lower Yellow River populations in the Han dynasty

Zhi Ji · BMC Biology

山东省作为黄河下游流域的关键区域，对于理解东亚遗传史至关重要，但其各个历史时期的详细古DNA数据仍然有限。本研究从山东省西汉时期临淄区闻韶北遗址新生成了14个古基因组。包括主成分分析 (PCA)、混合分析 (ADMIXTURE) 和 f 统计量在内的基因分析表明，温绍北人群在基因上与新石器时代早期山东的狩猎采集者存在显著差异，但与黄河中下游流域的新石器时代中期至铁器时代人群的基因序列较为接近。这表明闻韶北人群与黄河中游粟作农业社会具有很强的遗传连续性，并受到南方稻作农业群体的轻微影响。虽然山东的现代汉族与闻韶北等古代人群拥有共同的核心遗传基础，但细微的差异表明近期发生了混合事件，这可能与历史上黄河流域的迁徙有关。

古DNA论文

东亚中新石器时代粟和稻农业人群的基因组历史

The genomic history of East Asian Middle Neolithic millet- and rice-agricultural populations

Jianxue Xiong · Cell Genomics

中国黄河流域和长江流域是世界上最古老的独立农业中心之一，分别以粟和水稻的驯化而闻名，但其遗传历史却鲜为人知。本文，我们展示了来自这些地区的74个新石器时代中期遗传样本的全基因组数据，结果显示存在明显的遗传分化和双向基因流动，支持混合农业的人口扩散模型。黄河流域人群表现出独特的遗传亚结构，这是在新石器时代中期粟作农业扩张期间与周边群体相互作用的结果。黄河上游人群与青藏高原人群存在遗传关联，并拥有现代人类中最早的适应性EPAS1单倍型（约5800年前）。同时，长江流域的稻农与新石器时代至现今的中国东南沿海地区以及南岛语系人群表现出遗传亲缘关系，从而将原始南岛语系人群的起源追溯到更北的长江流域。这些发现为新石器时代中期农业扩张对人类遗传史的影响提供了新的见解。

古DNA论文

过去5000年葡萄牙的人群遗传历史

The genetic history of Portugal over the past 5,000 years

Xavier Roca-Rada · Genome Biology

古DNA论文

7世纪英格兰的西非祖源：来自肯特郡和多塞特郡的两名个体

West African ancestry in seventh-century England: two individuals from Kent and Dorset

Duncan Sayer · Antiquity

古DNA论文

古基因组揭示多塞特郡沃思马特拉弗斯后罗马时期的多元祖源与母系亲缘模式

Ancient genomes reveal cosmopolitan ancestry and maternal kinship patterns at post-Roman Worth Matravers, Dorset

M. George B. Foody · Antiquity

亲属关系往往难以从考古记录中直接辨认，但古DNA研究为认识其中一种形式——生物学亲缘关系——提供了重要窗口。本研究考察英格兰西南部沃思马特拉弗斯后罗马时期遗址中可能存在的亲缘联系。研究发现，虽然可以辨认出具有遗传亲缘关系的个体群组，但双人或三人合葬墓中也包含没有生物学亲缘关系的个体，说明墓葬位置的选择还涉及社会性亲属关系。部分个体携带欧洲大陆祖源的遗传信号，其中一名年轻男性具有近期的西非祖源，凸显出中世纪早期不列颠人群遗产的多样性。

古DNA论文

宋代至清代长江下游流域的遗传稳定性

Genetic stability in the lower Yangtze River basin from Song to Qing Dynasty

Haifeng He · BMC Biology

背景 长江下游流域在中国历史上扮演着举足轻重的角色。由于以往对该地区的研究主要集中于现代人群数据集，古代人类基因组数据的匮乏阻碍了我们重建详细的古代人口历史以及评估黄河相关人群遗传影响的能力。 结果 本文首次报道了来自长江下游流域的古代人类基因组，包含八位宋代至清代（公元960-1921年）的个体。我们观察到大多数样本具有高度的遗传同质性，表明该地区长期遗传稳定性较高。据估计，其中七位个体的祖先有69.3%至100%来源于古代黄河相关人群，其余部分则可归因于东亚南部人群。居住在长江下游流域的现代汉族人可以被视为该地区历史人群的直接遗传后裔。值得注意的是，一个清代样本揭示了与东地中海地区的遗传联系。 结论 我们的研究结果表明，长江下游流域在历史长河中始终保持着遗传连续性。这些发现凸显了该地区作为连接东亚北部和南部遗传桥梁的作用，它既保留了当地的稻作祖先特征，又受到黄河相关祖先向南扩张的影响。