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Social stratification without genetic differentiation at the Xisima site in the late Shang Dynasty
我们展示了来自商代晚期西司马墓地的 11 个个体的全基因组数据，该遗址展现了明显的社会分层埋葬证据。
Social stratification without genetic differentiation at the Xisima site in the late Shang Dynasty
我们展示了来自商代晚期西司马墓地的 11 个个体的全基因组数据，该遗址展现了明显的社会分层埋葬证据。
This study investigated genetic relationships in multi-individual burials of Neolithic hunter-gatherers from Gotland
本研究调查了哥特兰岛新石器时代狩猎采集者多人合葬墓中的遗传关系，旨在了解史前社会社会结构形成的影响因素。
This study investigated genetic relationships in multi-individual burials of Neolithic hunter-gatherers from Gotland
本研究调查了哥特兰岛新石器时代狩猎采集者多人合葬墓中的遗传关系，旨在了解史前社会社会结构形成的影响因素。
Genetic insights into Iron Age Saka culture: Ancient DNA analysis of the Boz-Barmak burial ground, Kyrgyzstan
铁器时代的游牧文化在塑造欧亚大陆人群的遗传和文化格局中发挥了重要作用。然而，尽管中亚地区地理位置优越，但在古代人类DNA研究中，该地区仍然代表性不足。我们通过对吉尔吉斯斯坦博兹-巴尔马克墓地出土的12名与萨卡牧民（公元前4至2世纪）相关的个体进行基因组分析来弥补这一空白，其中9名个体的基因组覆盖率较低。遗传聚类分析将这些个体置于古代和现代中亚及西伯利亚人群的遗传变异范围内。亲缘关系分析未发现一级亲属关系，但似乎存在二级和三级亲属关系网络。值得注意的是，所有男性个体都具有相同的Y染色体单倍型，该单倍型在当今的吉尔吉斯人和塔吉克人中很常见，而线粒体DNA则显示出相对较高的多样性，在分析的个体中观察到不同的单倍群。这些发现与早期铁器时代萨卡人的父系居住制考古和民族志证据相符，在萨卡人中，男性血统世代保持稳定，而女性的流动性则促进了遗传多样性。我们的研究丰富了我们对游牧文化中亲属关系、社会组织和人口历史之间相互作用的理解。
Genetic insights into Iron Age Saka culture: Ancient DNA analysis of the Boz-Barmak burial ground, Kyrgyzstan
铁器时代的游牧文化在塑造欧亚大陆人群的遗传和文化格局中发挥了重要作用。然而，尽管中亚地区地理位置优越，但在古代人类DNA研究中，该地区仍然代表性不足。我们通过对吉尔吉斯斯坦博兹-巴尔马克墓地出土的12名与萨卡牧民（公元前4至2世纪）相关的个体进行基因组分析来弥补这一空白，其中9名个体的基因组覆盖率较低。遗传聚类分析将这些个体置于古代和现代中亚及西伯利亚人群的遗传变异范围内。亲缘关系分析未发现一级亲属关系，但似乎存在二级和三级亲属关系网络。值得注意的是，所有男性个体都具有相同的Y染色体单倍型，该单倍型在当今的吉尔吉斯人和塔吉克人中很常见，而线粒体DNA则显示出相对较高的多样性，在分析的个体中观察到不同的单倍群。这些发现与早期铁器时代萨卡人的父系居住制考古和民族志证据相符，在萨卡人中，男性血统世代保持稳定，而女性的流动性则促进了遗传多样性。我们的研究丰富了我们对游牧文化中亲属关系、社会组织和人口历史之间相互作用的理解。
Paratyphoid fever and relapsing fever in 1812 Napoleon's devastated army
1812年拿破仑从俄国撤退期间，无数法军士兵死于传染病，但导致这些死亡的病原体至今仍存在争议。我们从13名士兵的牙齿中提取并测序了古代DNA，根据历史记录，这些士兵很可能死于传染病，我们的目标是确定导致他们死亡的病原体。我们的结果证实了肠道沙门氏菌（Salmonella enterica subsp. enterica）的存在，该菌属于副伤寒C谱系，是副伤寒的病原体；以及回归热螺旋体（Borrelia recurrentis），该菌由体虱传播。我们未能检测到普氏立克次体（Rickettsia prowazekii，斑疹伤寒的病原体）和五日热巴尔通体（Bartonella quintana，战壕热的病原体），尽管此前根据PCR结果和历史症状描述，这两种病原体曾被认为与此次致命事件有关。这些士兵体内发现的这些此前未被怀疑的病原体表明，它们可能对拿破仑大军在 1812 年灾难性撤退期间的覆灭起到了推波助澜的作用。
Paratyphoid fever and relapsing fever in 1812 Napoleon's devastated army
1812年拿破仑从俄国撤退期间，无数法军士兵死于传染病，但导致这些死亡的病原体至今仍存在争议。我们从13名士兵的牙齿中提取并测序了古代DNA，根据历史记录，这些士兵很可能死于传染病，我们的目标是确定导致他们死亡的病原体。我们的结果证实了肠道沙门氏菌（Salmonella enterica subsp. enterica）的存在，该菌属于副伤寒C谱系，是副伤寒的病原体；以及回归热螺旋体（Borrelia recurrentis），该菌由体虱传播。我们未能检测到普氏立克次体（Rickettsia prowazekii，斑疹伤寒的病原体）和五日热巴尔通体（Bartonella quintana，战壕热的病原体），尽管此前根据PCR结果和历史症状描述，这两种病原体曾被认为与此次致命事件有关。这些士兵体内发现的这些此前未被怀疑的病原体表明，它们可能对拿破仑大军在 1812 年灾难性撤退期间的覆灭起到了推波助澜的作用。
Carbon and Nitrogen Isotopic Ratios and Ancient DNA Evidence from Barcın Höyük and Kadıkalesi Anaia
本研究综合运用稳定碳（δ¹³C）和氮（δ¹⁵N）同位素以及古代DNA（aDNA）分析，考察了安纳托利亚西部两个中晚期拜占庭时期聚落的饮食和迁徙模式：一个是沿海的国际化聚落卡迪卡莱西阿纳亚（Kadıkalesi Anaia），另一个是内陆乡村聚落巴尔钦霍尤克（Barcın Höyük）。对38名个体的同位素分析表明，这两个群体都主要以陆生C₃资源为食。卡迪卡莱西的δ¹⁵N值变化较大，表明其动物蛋白来源的获取存在差异；而巴尔钦霍尤克的乡村聚落则表现出同位素的均一性，这与更为统一的饮食习惯和食物获取的公平性相符。此外，卡迪卡莱西的饮食也存在年龄和性别差异，而巴尔钦霍尤克的饮食则更为单一。在巴尔钦遗址，古代DNA分析结果表明当地居民的遗传构成较为稳定，这表明该地区人口具有较高的遗传连续性；仅有一例外部祖先来源，即一名男性个体，其血统与西方人群，特别是东欧人群有亲缘关系，这与历史上的军事迁徙模式（stratiotika ktemata）相符。本研究通过整合同位素和基因组证据，揭示了祖先来源和人口流动如何影响饮食习惯，并深入探讨了拜占庭时期城市化、人口流动和社会组织之间的相互作用。
Carbon and Nitrogen Isotopic Ratios and Ancient DNA Evidence from Barcın Höyük and Kadıkalesi Anaia
本研究综合运用稳定碳（δ¹³C）和氮（δ¹⁵N）同位素以及古代DNA（aDNA）分析，考察了安纳托利亚西部两个中晚期拜占庭时期聚落的饮食和迁徙模式：一个是沿海的国际化聚落卡迪卡莱西阿纳亚（Kadıkalesi Anaia），另一个是内陆乡村聚落巴尔钦霍尤克（Barcın Höyük）。对38名个体的同位素分析表明，这两个群体都主要以陆生C₃资源为食。卡迪卡莱西的δ¹⁵N值变化较大，表明其动物蛋白来源的获取存在差异；而巴尔钦霍尤克的乡村聚落则表现出同位素的均一性，这与更为统一的饮食习惯和食物获取的公平性相符。此外，卡迪卡莱西的饮食也存在年龄和性别差异，而巴尔钦霍尤克的饮食则更为单一。在巴尔钦遗址，古代DNA分析结果表明当地居民的遗传构成较为稳定，这表明该地区人口具有较高的遗传连续性；仅有一例外部祖先来源，即一名男性个体，其血统与西方人群，特别是东欧人群有亲缘关系，这与历史上的军事迁徙模式（stratiotika ktemata）相符。本研究通过整合同位素和基因组证据，揭示了祖先来源和人口流动如何影响饮食习惯，并深入探讨了拜占庭时期城市化、人口流动和社会组织之间的相互作用。
Dynamic human admixture histories over the past ~1300 years at the northern Himalayan frontier
来自青藏高原和喜马拉雅山脉中部高海拔地区的考古和古基因组证据表明，这些地区彼此之间以及与东亚、中亚和南亚低地存在生物文化联系。然而，地理位置上更靠近中亚和南亚低地的印度喜马拉雅山脉北部边缘地区的遗传历史仍未得到充分研究。我们分析了来自印度喜马拉雅山脉北部的7名古代个体（约2300至100年前）和10名现代个体，以及来自尼泊尔喜马拉雅山脉中部地区1名约3370年前个体的全基因组数据。来自喜马拉雅山脉北部的古代和现代个体主要具有藏族相关的遗传祖先，这可能是这些个体高海拔适应性变异的来源；同时，在所有约1300年前至现代的个体中均观察到显著的草原相关遗传祖先。此外，一些现代个体还具有南亚低地血统。我们的分析揭示了喜马拉雅山脉北部地区基因混合与连续性之间的动态相互作用。
Dynamic human admixture histories over the past ~1300 years at the northern Himalayan frontier
来自青藏高原和喜马拉雅山脉中部高海拔地区的考古和古基因组证据表明，这些地区彼此之间以及与东亚、中亚和南亚低地存在生物文化联系。然而，地理位置上更靠近中亚和南亚低地的印度喜马拉雅山脉北部边缘地区的遗传历史仍未得到充分研究。我们分析了来自印度喜马拉雅山脉北部的7名古代个体（约2300至100年前）和10名现代个体，以及来自尼泊尔喜马拉雅山脉中部地区1名约3370年前个体的全基因组数据。来自喜马拉雅山脉北部的古代和现代个体主要具有藏族相关的遗传祖先，这可能是这些个体高海拔适应性变异的来源；同时，在所有约1300年前至现代的个体中均观察到显著的草原相关遗传祖先。此外，一些现代个体还具有南亚低地血统。我们的分析揭示了喜马拉雅山脉北部地区基因混合与连续性之间的动态相互作用。
Genome of an early Okhotsk individual reveals ancient admixture between Jomon and Kamchatka lineages
公元1世纪末，鄂霍次克海南部沿岸地区分布着史前鄂霍次克文化。此前一项对晚期鄂霍次克个体进行全基因组测序的研究表明，从俄罗斯远东地区到日本北部存在两波迁徙浪潮。第一波浪潮估计起源于距今约2000年前的堪察加半岛，第二波浪潮起源于距今约1600年前的阿穆尔河流域。这些发现提示，在距今2000年至1600年间，日本北部可能存在一个由堪察加人和绳文人混血而成的假想人群，尽管尚未获得直接的遗传证据。本文展示了在日本北部发掘的一例早期鄂霍次克个体（NAT004）的基因组数据。混合模型分析表明，该基因组可以解释为堪察加人和绳文人祖先的混合，这为先前假想人群的存在提供了直接支持。这一结果为了解日本北部史前人口动态提供了新的见解，并有助于更广泛地了解其考古和人类学历史。
Genome of an early Okhotsk individual reveals ancient admixture between Jomon and Kamchatka lineages
公元1世纪末，鄂霍次克海南部沿岸地区分布着史前鄂霍次克文化。此前一项对晚期鄂霍次克个体进行全基因组测序的研究表明，从俄罗斯远东地区到日本北部存在两波迁徙浪潮。第一波浪潮估计起源于距今约2000年前的堪察加半岛，第二波浪潮起源于距今约1600年前的阿穆尔河流域。这些发现提示，在距今2000年至1600年间，日本北部可能存在一个由堪察加人和绳文人混血而成的假想人群，尽管尚未获得直接的遗传证据。本文展示了在日本北部发掘的一例早期鄂霍次克个体（NAT004）的基因组数据。混合模型分析表明，该基因组可以解释为堪察加人和绳文人祖先的混合，这为先前假想人群的存在提供了直接支持。这一结果为了解日本北部史前人口动态提供了新的见解，并有助于更广泛地了解其考古和人类学历史。
A high-coverage genome from a 200,000-year-old Denisovan
丹尼索瓦人是尼安德特人的已灭绝姐妹群，生活在中晚更新世时期的欧亚大陆东部。目前，我们对他们的了解仅限于少数骨骼遗骸和有限的遗传数据，其中包括一位生活在约6.5万年前的女性的高覆盖度基因组。本文介绍了第二个高质量的丹尼索瓦人基因组，该基因组重建自丹尼索瓦洞穴发现的一颗臼齿。这颗臼齿属于一位生活在约20万年前的男性，他当时生活在一个小型丹尼索瓦人群体中。这个群体曾与早期尼安德特人混合，之后被与后期尼安德特人混合的丹尼索瓦人所取代。我们发现，丹尼索瓦人还接受了来自人族的基因交流，这些人族在丹尼索瓦人和现代人类的祖先分化之前就已经存在。这两个丹尼索瓦人基因组使我们能够厘清现代人类的丹尼索瓦人祖先构成，揭示了至少三个不同的丹尼索瓦人群体的贡献。具体而言，大洋洲人和南亚人分别独立地从高度分化的丹尼索瓦人群体中继承了DNA，该群体很可能曾孤立于南亚。这支持了大洋洲人祖先早期经由南亚迁徙，随后现代南亚人祖先抵达的观点。东亚人的基因组中不包含这种丹尼索瓦人成分，表明他们的祖先是独立抵达的，或许是通过一条向北的路线。最后，这两个高质量的丹尼索瓦人基因组使我们能够完善丹尼索瓦人谱系中出现的遗传变异目录，其中一些变异对现代人类有所贡献。
A high-coverage genome from a 200,000-year-old Denisovan
丹尼索瓦人是尼安德特人的已灭绝姐妹群，生活在中晚更新世时期的欧亚大陆东部。目前，我们对他们的了解仅限于少数骨骼遗骸和有限的遗传数据，其中包括一位生活在约6.5万年前的女性的高覆盖度基因组。本文介绍了第二个高质量的丹尼索瓦人基因组，该基因组重建自丹尼索瓦洞穴发现的一颗臼齿。这颗臼齿属于一位生活在约20万年前的男性，他当时生活在一个小型丹尼索瓦人群体中。这个群体曾与早期尼安德特人混合，之后被与后期尼安德特人混合的丹尼索瓦人所取代。我们发现，丹尼索瓦人还接受了来自人族的基因交流，这些人族在丹尼索瓦人和现代人类的祖先分化之前就已经存在。这两个丹尼索瓦人基因组使我们能够厘清现代人类的丹尼索瓦人祖先构成，揭示了至少三个不同的丹尼索瓦人群体的贡献。具体而言，大洋洲人和南亚人分别独立地从高度分化的丹尼索瓦人群体中继承了DNA，该群体很可能曾孤立于南亚。这支持了大洋洲人祖先早期经由南亚迁徙，随后现代南亚人祖先抵达的观点。东亚人的基因组中不包含这种丹尼索瓦人成分，表明他们的祖先是独立抵达的，或许是通过一条向北的路线。最后，这两个高质量的丹尼索瓦人基因组使我们能够完善丹尼索瓦人谱系中出现的遗传变异目录，其中一些变异对现代人类有所贡献。
Multidisciplinary study of human remains from the 3rd century mass grave in the Roman city of Mursa, Croatia
2011年的考古发掘中，在罗马时期古城穆尔萨（今克罗地亚奥西耶克）遗址发现了一个奇特的考古遗迹，该遗迹代表着一个集体墓穴，其中埋葬着七具保存完好的骸骨。考古背景和直接放射性碳测年表明，这些遗骸的埋葬年代为公元3世纪中叶。生物考古学分析表明，这七具遗骸均为成年男性，且伴有大量病理病变（例如肌腱病、损伤）。碳和氮稳定同位素分析表明，他们的饮食以C3/C4混合植物为主，陆生动物蛋白摄入量有限，海洋蛋白摄入量也非常有限。古DNA分析表明，穆尔萨集体墓穴中遗骸的祖先血统复杂。他们中没有一人与当地早铁器时代人群表现出遗传连续性。对穆尔萨万人坑进行的跨学科分析强烈表明，所研究的个体是罗马士兵，他们是“三世纪危机”导致的灾难性事件的受害者，最有可能是公元 260 年的穆尔萨战役。
Multidisciplinary study of human remains from the 3rd century mass grave in the Roman city of Mursa, Croatia
2011年的考古发掘中，在罗马时期古城穆尔萨（今克罗地亚奥西耶克）遗址发现了一个奇特的考古遗迹，该遗迹代表着一个集体墓穴，其中埋葬着七具保存完好的骸骨。考古背景和直接放射性碳测年表明，这些遗骸的埋葬年代为公元3世纪中叶。生物考古学分析表明，这七具遗骸均为成年男性，且伴有大量病理病变（例如肌腱病、损伤）。碳和氮稳定同位素分析表明，他们的饮食以C3/C4混合植物为主，陆生动物蛋白摄入量有限，海洋蛋白摄入量也非常有限。古DNA分析表明，穆尔萨集体墓穴中遗骸的祖先血统复杂。他们中没有一人与当地早铁器时代人群表现出遗传连续性。对穆尔萨万人坑进行的跨学科分析强烈表明，所研究的个体是罗马士兵，他们是“三世纪危机”导致的灾难性事件的受害者，最有可能是公元 260 年的穆尔萨战役。
Ancient genomes reveal Basal Asian ancestries and dynamic population interactions over time on the southern Tibetan Plateau
在本研究中，我们从最近发掘的马布错遗址获得了 16 个新测序的基因组，时间跨度从 4400 到 3500 年前。
Ancient genomes reveal Basal Asian ancestries and dynamic population interactions over time on the southern Tibetan Plateau
在本研究中，我们从最近发掘的马布错遗址获得了 16 个新测序的基因组，时间跨度从 4400 到 3500 年前。
Ancient DNA reveals the population interactions and a Neolithic patrilineal community in Northern Yangtze Region
早期稻作种植者古代基因组的匮乏阻碍了我们对其遗传图谱及其与粟作种植者动态互动的理解。本研究分析了来自八里岗的58个古代基因组。八里岗是位于长江中游流域北缘的一个长期聚落，其时代跨越新石器时代中期至青铜时代晚期。这组按年代分层的遗传数据集为早期稻作种植人群提供了全面的基因组学见解，增进了我们对东亚人口历史的理解。我们的研究表明，八里岗经历了多次族群融合，以距今约4200年前为关键转折点，标志着东亚南部人群的基因组大规模流入。我们还鉴定了多代二次埋葬中详细的亲属关系，以及五千年前父系社群的存在，为理解史前中国早期社会结构提供了新的视角。
Ancient DNA reveals the population interactions and a Neolithic patrilineal community in Northern Yangtze Region
早期稻作种植者古代基因组的匮乏阻碍了我们对其遗传图谱及其与粟作种植者动态互动的理解。本研究分析了来自八里岗的58个古代基因组。八里岗是位于长江中游流域北缘的一个长期聚落，其时代跨越新石器时代中期至青铜时代晚期。这组按年代分层的遗传数据集为早期稻作种植人群提供了全面的基因组学见解，增进了我们对东亚人口历史的理解。我们的研究表明，八里岗经历了多次族群融合，以距今约4200年前为关键转折点，标志着东亚南部人群的基因组大规模流入。我们还鉴定了多代二次埋葬中详细的亲属关系，以及五千年前父系社群的存在，为理解史前中国早期社会结构提供了新的视角。
Slab Grave expansion disrupted long co-existence of distinct Bronze Age herders in central Mongolia
奶牛畜牧业在青铜时代早期（EBA）随着迁徙的牧民传入蒙古，并在青铜时代晚期（LBA）蓬勃发展，其文化多元的群体与鹿石-基里格苏尔遗址（DSKC）和人字形/乌兰祖赫墓葬相关。尽管畜牧业的传播已被广泛研究，但不同文化的牧民群体之间的互动仍未得到充分探索，这主要是由于获取基因组和文化数据的挑战。在本研究中，我们分析了蒙古中部30个古代个体的全基因组和文化数据，中部是拥有不同丧葬习俗的牧民群体汇聚的关键地区。我们观察到在LBA时期，两个不同的基因簇持续存在，分别对应于DSKC和人字形墓葬，这表明尽管它们共存，但混合有限，文化差异仍然得以保留。这些基因和文化特征最终在铁器时代早期被与新兴的板状墓葬传统相关的人口扩张所取代。最后，我们进一步完善了LBA DSKC人群的遗传起源，将其少数西欧亚血统追溯至铜石时代/EBA阿法纳谢沃和克姆采格（切穆尔切克）人群。这项研究对蒙古史前时期的重大变迁进行了精细的遗传追踪，为理解塑造古代游牧社会的复杂而多元的进程提供了新的视角。
Slab Grave expansion disrupted long co-existence of distinct Bronze Age herders in central Mongolia
奶牛畜牧业在青铜时代早期（EBA）随着迁徙的牧民传入蒙古，并在青铜时代晚期（LBA）蓬勃发展，其文化多元的群体与鹿石-基里格苏尔遗址（DSKC）和人字形/乌兰祖赫墓葬相关。尽管畜牧业的传播已被广泛研究，但不同文化的牧民群体之间的互动仍未得到充分探索，这主要是由于获取基因组和文化数据的挑战。在本研究中，我们分析了蒙古中部30个古代个体的全基因组和文化数据，中部是拥有不同丧葬习俗的牧民群体汇聚的关键地区。我们观察到在LBA时期，两个不同的基因簇持续存在，分别对应于DSKC和人字形墓葬，这表明尽管它们共存，但混合有限，文化差异仍然得以保留。这些基因和文化特征最终在铁器时代早期被与新兴的板状墓葬传统相关的人口扩张所取代。最后，我们进一步完善了LBA DSKC人群的遗传起源，将其少数西欧亚血统追溯至铜石时代/EBA阿法纳谢沃和克姆采格（切穆尔切克）人群。这项研究对蒙古史前时期的重大变迁进行了精细的遗传追踪，为理解塑造古代游牧社会的复杂而多元的进程提供了新的视角。
Evolutionary history and recurrent host adaptation in ancient Salmonella enterica
肠炎沙门氏菌（Salmonella enterica subsp. enterica）是一种极其多样化的细菌病原体，可导致人类群体中频繁发生的感染和食源性疾病。目前已描述的菌株（血清型）超过1500种，其中许多具有广泛的宿主范围。少数血清型能够感染特定宿主：例如，伤寒沙门氏菌（Typhi）和甲、乙、丙型副伤寒沙门氏菌（Paratyphi A、B、C）可引起灵长类动物特异性全身感染（伤寒和副伤寒）。尽管丙型副伤寒沙门氏菌是目前最罕见的人类特异性血清型之一，但它曾经广泛分布，迄今为止发表的所有古代沙门氏菌基因组均属于该谱系或其祖先。本文介绍了53个新的古代沙门氏菌基因组，这些基因组分布于欧亚大陆，年代介于公元前3500年至公元1300年之间。这一丰富的基因组数据集使我们能够以前所未有的细节重建该病原体的进化史。我们鉴定了多个已灭绝的史前谱系，这些谱系曾在整个欧亚大陆引起感染。在史前和历史时期，我们观察到多次谱系更替事件，并利用贝叶斯系统发育分析来确定该谱系内宿主适应事件的发生时间和发生时间。我们发现，宿主适应性亚谱系副伤寒沙门氏菌C、猪霍乱沙门氏菌和猪伤寒沙门氏菌彼此独立地持续演化宿主特异性。通过分析共享的假基因以及反复出现的基因获得和丢失事件，我们重建了所研究谱系和其他宿主适应性菌株中趋同宿主适应的信号。该分析表明，宿主相互作用是选择的特定目标，突显了该肠沙门氏菌谱系对人类的逐步适应，这与畜牧社会和定居农业社会中畜牧业的集约化发展相吻合。
Evolutionary history and recurrent host adaptation in ancient Salmonella enterica
肠炎沙门氏菌（Salmonella enterica subsp. enterica）是一种极其多样化的细菌病原体，可导致人类群体中频繁发生的感染和食源性疾病。目前已描述的菌株（血清型）超过1500种，其中许多具有广泛的宿主范围。少数血清型能够感染特定宿主：例如，伤寒沙门氏菌（Typhi）和甲、乙、丙型副伤寒沙门氏菌（Paratyphi A、B、C）可引起灵长类动物特异性全身感染（伤寒和副伤寒）。尽管丙型副伤寒沙门氏菌是目前最罕见的人类特异性血清型之一，但它曾经广泛分布，迄今为止发表的所有古代沙门氏菌基因组均属于该谱系或其祖先。本文介绍了53个新的古代沙门氏菌基因组，这些基因组分布于欧亚大陆，年代介于公元前3500年至公元1300年之间。这一丰富的基因组数据集使我们能够以前所未有的细节重建该病原体的进化史。我们鉴定了多个已灭绝的史前谱系，这些谱系曾在整个欧亚大陆引起感染。在史前和历史时期，我们观察到多次谱系更替事件，并利用贝叶斯系统发育分析来确定该谱系内宿主适应事件的发生时间和发生时间。我们发现，宿主适应性亚谱系副伤寒沙门氏菌C、猪霍乱沙门氏菌和猪伤寒沙门氏菌彼此独立地持续演化宿主特异性。通过分析共享的假基因以及反复出现的基因获得和丢失事件，我们重建了所研究谱系和其他宿主适应性菌株中趋同宿主适应的信号。该分析表明，宿主相互作用是选择的特定目标，突显了该肠沙门氏菌谱系对人类的逐步适应，这与畜牧社会和定居农业社会中畜牧业的集约化发展相吻合。
Archaeogenetic analysis sheds light on genomic substructure and kinship practices of Xianbei nobles from the Yihe Nur site
鲜卑联盟是历史上记载的中国北方众多游牧民族中最强大的一个。它在古代中国乃至更广阔的欧亚地区的政治、军事和历史格局中发挥着举足轻重的作用。近年来，关于鲜卑的研究，尤其是对鲜卑平民的研究，揭示了他们的起源和迁徙模式。然而，鲜卑贵族的基因结构及其亲属关系仍未得到充分了解。本研究成功获取了内蒙古伊河淖尔遗址一座鲜卑贵族家族墓葬中埋葬的四位古代个体的基因组数据。据我们所知，这是首次从鲜卑贵族身上获取古代基因组数据。此外，我们还从同一遗址出土的一位辽代个体身上获得了新的基因组数据。我们发现，鲜卑贵族普遍携带着与早期鲜卑人群相关的血统成分。然而，一名女性贵族表现出来自东亚南部人群的主要基因特征，只有少量来自早期鲜卑血统的贡献，这表明鲜卑贵族与其他东亚群体之间存在潜在的人口相互作用和遗传影响。我们还发现了鲜卑贵族之间的亲子关系，他们被埋葬在很近的地方，这意味着遗传亲属关系可能在塑造鲜卑丧葬习俗方面发挥了作用。然而，在 YHNE5 墓道中埋葬的一名女仆被发现与墓主人没有遗传关系。此外，在同一遗址出土的一件辽代遗体与来自中国中原的农业人群表现出显著的遗传亲缘关系，这表明从鲜卑到辽代时期，鲜卑人在遗传上受到了中国南方的影响。
Archaeogenetic analysis sheds light on genomic substructure and kinship practices of Xianbei nobles from the Yihe Nur site
鲜卑联盟是历史上记载的中国北方众多游牧民族中最强大的一个。它在古代中国乃至更广阔的欧亚地区的政治、军事和历史格局中发挥着举足轻重的作用。近年来，关于鲜卑的研究，尤其是对鲜卑平民的研究，揭示了他们的起源和迁徙模式。然而，鲜卑贵族的基因结构及其亲属关系仍未得到充分了解。本研究成功获取了内蒙古伊河淖尔遗址一座鲜卑贵族家族墓葬中埋葬的四位古代个体的基因组数据。据我们所知，这是首次从鲜卑贵族身上获取古代基因组数据。此外，我们还从同一遗址出土的一位辽代个体身上获得了新的基因组数据。我们发现，鲜卑贵族普遍携带着与早期鲜卑人群相关的血统成分。然而，一名女性贵族表现出来自东亚南部人群的主要基因特征，只有少量来自早期鲜卑血统的贡献，这表明鲜卑贵族与其他东亚群体之间存在潜在的人口相互作用和遗传影响。我们还发现了鲜卑贵族之间的亲子关系，他们被埋葬在很近的地方，这意味着遗传亲属关系可能在塑造鲜卑丧葬习俗方面发挥了作用。然而，在 YHNE5 墓道中埋葬的一名女仆被发现与墓主人没有遗传关系。此外，在同一遗址出土的一件辽代遗体与来自中国中原的农业人群表现出显著的遗传亲缘关系，这表明从鲜卑到辽代时期，鲜卑人在遗传上受到了中国南方的影响。
Eight millennia of continuity of a previously unknown lineage in Argentina
南美洲中部南锥体是地球上最后有人居住的地区之一，但在古代 DNA 中却代表性不足。我们从 238 个古代个体中获得了新的全基因组数据，跨越一万年。最古老的个体来自潘帕斯草原地区，可追溯到距今 10000 年前，与中全新世南锥体个体具有明显的遗传亲缘关系，表明此时已开始与中安第斯山脉和巴西中东部地区分化。可追溯到 4600-150BP 的个体主要来自一个迄今未采样的深层谱系，其最早的代表是可追溯到约 8500BP 的个体。这个阿根廷中部谱系在全新世中期与另外两个谱系共存，在阿根廷中部，这个谱系持续了数千年，没有跨区域迁徙的证据。阿根廷中部谱系参与了三次不同的基因流动：它在 3300BP 时混入潘帕斯草原，并在 800BP 后成为那里的主要成分；在阿根廷西北部，有中安第斯山脉血统；在格兰查科地区，有热带和亚热带森林血统。在阿根廷西北部，近亲联姻的比例在距今1000年前有所增加，与中安第斯山脉的情况相似。在巴拉那河流域，一位距今400年前的、与瓜拉尼考古学联系密切的个体与巴西群体聚集在一起，这与当时瓜拉尼人的存在相符。
Eight millennia of continuity of a previously unknown lineage in Argentina
南美洲中部南锥体是地球上最后有人居住的地区之一，但在古代 DNA 中却代表性不足。我们从 238 个古代个体中获得了新的全基因组数据，跨越一万年。最古老的个体来自潘帕斯草原地区，可追溯到距今 10000 年前，与中全新世南锥体个体具有明显的遗传亲缘关系，表明此时已开始与中安第斯山脉和巴西中东部地区分化。可追溯到 4600-150BP 的个体主要来自一个迄今未采样的深层谱系，其最早的代表是可追溯到约 8500BP 的个体。这个阿根廷中部谱系在全新世中期与另外两个谱系共存，在阿根廷中部，这个谱系持续了数千年，没有跨区域迁徙的证据。阿根廷中部谱系参与了三次不同的基因流动：它在 3300BP 时混入潘帕斯草原，并在 800BP 后成为那里的主要成分；在阿根廷西北部，有中安第斯山脉血统；在格兰查科地区，有热带和亚热带森林血统。在阿根廷西北部，近亲联姻的比例在距今1000年前有所增加，与中安第斯山脉的情况相似。在巴拉那河流域，一位距今400年前的、与瓜拉尼考古学联系密切的个体与巴西群体聚集在一起，这与当时瓜拉尼人的存在相符。
Ancient DNA connects large-scale migration with the spread of Slavs
公元前一千年的后半叶，中欧和东欧经历了根本性的文化和政治变革。这一变革时期通常与斯拉夫人的出现联系在一起，这得到了文献证据1,2的支持，也与类似考古学层面的出现相吻合3,4,5,6。然而，迄今为止，对于这一考古学层面是通过迁徙、斯拉夫化还是两者兼而有之而传播的，尚未达成共识。基因数据仍然稀少，尤其是由于斯拉夫人定居早期普遍采用火葬习俗。本文提供了来自555名古代个体的全基因组数据，其中包括359个来自斯拉夫人背景的样本，最早可追溯到公元7世纪。我们的数据显示，在公元6世纪至8世纪期间，东欧发生了大规模人口迁移，取代了德国东部、波兰和克罗地亚80%以上的当地基因库。然而，我们也发现了显著的区域异质性，以及缺乏性别差异的混合，这表明原住民的文化同化程度各不相同。通过比较考古学和遗传学证据，我们发现东德血统的变化与社会组织的变迁相吻合，其特征是站点间和站点内的遗传关联性以及父系居住关系的加强。从欧洲层面来看，六世纪至八世纪物质文化和语言的变化似乎与这些大规模的人口流动有关。
Ancient DNA connects large-scale migration with the spread of Slavs
公元前一千年的后半叶，中欧和东欧经历了根本性的文化和政治变革。这一变革时期通常与斯拉夫人的出现联系在一起，这得到了文献证据1,2的支持，也与类似考古学层面的出现相吻合3,4,5,6。然而，迄今为止，对于这一考古学层面是通过迁徙、斯拉夫化还是两者兼而有之而传播的，尚未达成共识。基因数据仍然稀少，尤其是由于斯拉夫人定居早期普遍采用火葬习俗。本文提供了来自555名古代个体的全基因组数据，其中包括359个来自斯拉夫人背景的样本，最早可追溯到公元7世纪。我们的数据显示，在公元6世纪至8世纪期间，东欧发生了大规模人口迁移，取代了德国东部、波兰和克罗地亚80%以上的当地基因库。然而，我们也发现了显著的区域异质性，以及缺乏性别差异的混合，这表明原住民的文化同化程度各不相同。通过比较考古学和遗传学证据，我们发现东德血统的变化与社会组织的变迁相吻合，其特征是站点间和站点内的遗传关联性以及父系居住关系的加强。从欧洲层面来看，六世纪至八世纪物质文化和语言的变化似乎与这些大规模的人口流动有关。
Ancient genomes from eastern Kazakhstan reveal dynamic genetic legacy of Inner Eurasian hunter-gatherers
古基因组研究正逐渐揭示欧亚大陆草原和泰加林地区史前狩猎采集者的多样化遗传图谱，以及他们随时间推移的动态种群变化。然而，由于空间和时间样本覆盖稀疏，史前内亚狩猎采集者的遗传历史仍然不完整，尤其是在哈萨克斯坦东部，欧亚草原与萨扬-阿尔泰山地森林和内亚山地走廊的交汇处。本文报告了来自哈萨克斯坦东部额尔齐斯河上游地区科肯遗址的21个古代个体的全基因组数据，其中包括两个新石器时代早期（EN）狩猎采集者和19个青铜时代中晚期（MLBA）游牧民。我们发现这两个EN个体的遗传图谱存在差异，但同时也是二级亲属，这表明来自遗传上不同的狩猎采集者群体的个体之间已经形成了融合。他们在基因上与额尔齐斯河流域后期的新石器时代个体最为相似，而来自托博尔-伊希姆河西部地区的同期狩猎采集者与来自鄂毕河上游东部地区的狩猎采集者则拥有截然不同的基因图谱，这表明河流地理环境可能在构建内亚狩猎采集者群体方面发挥了作用。科肯早期巴氏链状体（MLBA）个体在基因上与属于安德罗诺沃文化层位的其他早期巴氏链状体（MLBA）个体相似，而两个基因异常值则表明，这些个体与当地人群的混合轨迹截然不同，并持续到早期巴氏链状体（MLBA）时期。这些发现阐明了内亚狩猎采集者的动态群体结构及其在后续游牧人群中的遗传遗产。
Ancient genomes from eastern Kazakhstan reveal dynamic genetic legacy of Inner Eurasian hunter-gatherers
古基因组研究正逐渐揭示欧亚大陆草原和泰加林地区史前狩猎采集者的多样化遗传图谱，以及他们随时间推移的动态种群变化。然而，由于空间和时间样本覆盖稀疏，史前内亚狩猎采集者的遗传历史仍然不完整，尤其是在哈萨克斯坦东部，欧亚草原与萨扬-阿尔泰山地森林和内亚山地走廊的交汇处。本文报告了来自哈萨克斯坦东部额尔齐斯河上游地区科肯遗址的21个古代个体的全基因组数据，其中包括两个新石器时代早期（EN）狩猎采集者和19个青铜时代中晚期（MLBA）游牧民。我们发现这两个EN个体的遗传图谱存在差异，但同时也是二级亲属，这表明来自遗传上不同的狩猎采集者群体的个体之间已经形成了融合。他们在基因上与额尔齐斯河流域后期的新石器时代个体最为相似，而来自托博尔-伊希姆河西部地区的同期狩猎采集者与来自鄂毕河上游东部地区的狩猎采集者则拥有截然不同的基因图谱，这表明河流地理环境可能在构建内亚狩猎采集者群体方面发挥了作用。科肯早期巴氏链状体（MLBA）个体在基因上与属于安德罗诺沃文化层位的其他早期巴氏链状体（MLBA）个体相似，而两个基因异常值则表明，这些个体与当地人群的混合轨迹截然不同，并持续到早期巴氏链状体（MLBA）时期。这些发现阐明了内亚狩猎采集者的动态群体结构及其在后续游牧人群中的遗传遗产。
Genomic formation of lower Yellow River populations in the Han dynasty
山东省作为黄河下游流域的关键区域，对于理解东亚遗传史至关重要，但其各个历史时期的详细古DNA数据仍然有限。本研究从山东省西汉时期临淄区闻韶北遗址新生成了14个古基因组。包括主成分分析 (PCA)、混合分析 (ADMIXTURE) 和 f 统计量在内的基因分析表明，温绍北人群在基因上与新石器时代早期山东的狩猎采集者存在显著差异，但与黄河中下游流域的新石器时代中期至铁器时代人群的基因序列较为接近。这表明闻韶北人群与黄河中游粟作农业社会具有很强的遗传连续性，并受到南方稻作农业群体的轻微影响。虽然山东的现代汉族与闻韶北等古代人群拥有共同的核心遗传基础，但细微的差异表明近期发生了混合事件，这可能与历史上黄河流域的迁徙有关。
Genomic formation of lower Yellow River populations in the Han dynasty
山东省作为黄河下游流域的关键区域，对于理解东亚遗传史至关重要，但其各个历史时期的详细古DNA数据仍然有限。本研究从山东省西汉时期临淄区闻韶北遗址新生成了14个古基因组。包括主成分分析 (PCA)、混合分析 (ADMIXTURE) 和 f 统计量在内的基因分析表明，温绍北人群在基因上与新石器时代早期山东的狩猎采集者存在显著差异，但与黄河中下游流域的新石器时代中期至铁器时代人群的基因序列较为接近。这表明闻韶北人群与黄河中游粟作农业社会具有很强的遗传连续性，并受到南方稻作农业群体的轻微影响。虽然山东的现代汉族与闻韶北等古代人群拥有共同的核心遗传基础，但细微的差异表明近期发生了混合事件，这可能与历史上黄河流域的迁徙有关。
