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古基因组证据揭示中国中原鲜卑人群间的遗传融合

Ancient genomic evidence of genetic integration among Xianbei populations in the Central Plains of China

Jie Zhang · Archaeological Research in Asia

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新石器时代苏格兰北部的墓葬建造与埋葬作为血缘和社会联系的实践

Building tombs and entombing the dead as technologies of descent and affinity in Neolithic northern Scotland

Vicki Cummings · Antiquity

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对英格兰西南部古代个体的基因组分析

Genomic analysis of ancient individuals from south-western England

对来自英格兰西南部十二个遗址的30个个体(所有个体的放射性碳测年结果均在公元前4000年至公元前1300年之间)的基因组进行分析,发现公元前3000年至公元前2500年左右发生了一次显著的遗传转变。

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皮亚斯特王朝及相关欧洲王室家族的遗传谱系

Genetic genealogy of the Piast dynasty and related European royal families

Michal Zenczak · Nature Communications

皮亚斯特王朝是公元10世纪塑造中世纪欧洲政治格局的王室王朝之一。尽管他们作为早期波兰王国的缔造者和统治者举足轻重,但人们对皮亚斯特王朝的起源、波兰向中世纪君主制国家转型的条件,以及10世纪中东欧政治实体形成的机制却知之甚少。本文对散布在波兰各地的皮亚斯特王朝墓地进行了跨学科研究。在八个遗址中,我们发现了33具疑似属于皮亚斯特王朝的骨骼遗骸。考古基因组学分析证实了其中十具遗骸属于皮亚斯特王朝。基于这些遗骸的基因组数据,我们确定了来自10个欧洲王室王朝的200多位历史人物的线粒体单倍群。在皮亚斯特王朝中发现的Y染色体单倍群谱系(R1b-BY3549)目前较为罕见。在古代DNA数据库中,三个生活在西北欧(今法国、荷兰和英国)的个体拥有相同的Y染色体单倍群谱系。这些发现共同表明,皮亚斯特王朝并非本地起源,并支持这样一种假设:9至11世纪发生在东欧中部的国家构建过程不仅受到当地精英的影响,也受到外来因素的影响。

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古代基因组揭示韩国三国时期社会广泛的亲缘网络与内婚制

Ancient genomes reveal an extensive kinship network and endogamy in a Three-Kingdoms period society in Korea

Hyoungmin Moon · Science Advances

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巴黎盆地人口的不连续性与新石器时代衰落的证据有关

Population discontinuity in the Paris Basin linked to evidence of the Neolithic Decline

Frederik V. Seersholm · Nature Ecology & Evolution

公元前三千年至公元前四千年过渡时期,有证据表明,西北欧大陆巨石建筑的终结伴随着人口的下降。在斯堪的纳维亚半岛,这种“新石器时代衰落”之后发生了大规模的人口更替,农业社群消失,取而代之的是具有草原血统的人群。然而,在西欧,与新石器时代农民相关的血统在新石器时代衰落之后仍然存在,目前尚不清楚是否也发生了类似的人口更替。为了研究当今法国新石器时代衰落前后的人口动态,我们对来自布里墓葬巷(allée sépulcrale)的132个古代基因组进行了测序。布里位于巴黎地区,其墓葬活动跨越了两个阶段,中间有一段没有墓葬活动的空白期:一个阶段紧随公元前四千年晚期的新石器时代衰落之前,大约结束于公元前3000年;另一个阶段则发生在公元前三千年早期至中期,新石器时代衰落之后。我们的分析表明,伯里遗址的两个墓葬阶段代表了遗传背景截然不同的两个群体,这可以从三个大型谱系推断出来,这两个群体具有显著不同的社会组织。我们发现,这两个墓葬阶段之间的差异与新石器时代祖先从南方向北迁徙有关,这种迁徙直到公元前2900年左右新石器时代衰落之后才扩散到巴黎盆地。结合数据集中存在的多种传染病(例如鼠疫耶尔森菌和回归热螺旋体)的遗传证据,以及两个墓葬阶段之间森林再生的证据,这些发现揭示了公元前四千年末期的人口更替,并为巨石建筑的停止建造提供了一种可能的解释。

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黄河中游6000年基因组横断面研究

A 6,000-year genomic transect in the middle Yellow River

Rui Wang · National Science Review

本文介绍了从中国中部和北部八个遗址挖掘出的 112 个个体的全基因组数据,这些个体的年代跨越了距今 6000 年至 300 年(BP)。

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佩列斯拉夫尔-扎列斯基救世主显圣容大教堂北侧墓室一座墓葬的综合考古遗传学研究

COMPREHENSIVE ARCHAEOGENETIC STUDY OF A BURIAL IN THE NORTHERN CRYPT OF THE PERESLAVL-ZALESSKY TRANSFIGURATION CATHEDRAL

T.V. Andreeva · Российская археология / Russian archeology

现代考古遗传学既研究大规模材料数据集,也研究单个个体。针对个体的研究通常旨在确认某位历史人物的身份。对于没有历史记载、但墓葬考古背景显示其社会地位较高的个体,研究尤其具有意义。本文对这样一座墓葬开展综合分析。2020年,弗拉基米尔·谢多夫主持了佩列斯拉夫尔-扎列斯基大教堂及周边区域的考古调查,在教堂北侧发现一具白石棺及其中的墓葬。 5号石棺内的死者具有较高社会地位,这既体现在其位于大教堂内部的墓葬位置,也体现在专门为其建造白石棺这一事实。该石棺可定年为公元14至15世纪,早于外部具有圆形或矩形肩部的真正拟人形石棺出现的时期。骨骼保存较好但不完整,属于一名约50岁的男性,并具有与年龄相关的变化。 基因组分析表明,该个体具有混合祖源,可能反映了遗传背景不同的人群之间的婚姻,这种情况在中世纪精英群体中较为常见。常染色体标记与线粒体DNA分析显示,其祖先最可能与阿兰人群及巴尔干半岛西部的中世纪人群有关。研究还发现,其父母可能存在近亲婚配,这在贵族阶层中并不罕见。

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对伊维萨岛中世纪墓葬的分析揭示了伊斯兰时期遗传和病原体的多样性。

Analysis of medieval burials from Ibiza reveals genetic and pathogenic diversity during the Islamic period

Ricardo Rodríguez-Varela · Nature Communications

伊维萨岛位于今天的西班牙境内,公元902年被科尔多瓦倭马亚王朝征服。该岛一直处于伊斯兰统治之下,直至1235年。本文分析了伊维萨岛一处伊斯兰墓地中13位个体的基因组和宏基因组图谱,这些个体的年代可追溯至公元950年至1150年。全基因组分析揭示了其遗传异质性,其祖先成分来自欧洲、北非和撒哈拉以南非洲。我们的分析估计,北非基因流动发生在这些个体生活的两到七代之前,这表明在伊斯兰征服伊比利亚半岛之后,甚至可能在伊维萨岛本身,都发生了基因混合。值得注意的是,有两位个体的撒哈拉以南非洲祖先分别来自不同的地区:塞内冈比亚和今天的乍得南部,这为当时阿拉伯文献记载的通过军事和奴隶网络建立的跨撒哈拉联系提供了直接证据。宏基因组分析在该人群中检测到多种病原体,其中一人携带麻风分枝杆菌,这为了解麻风病在伊维萨岛的存在提供了线索。我们的发现与历史记载的双脉冲人口模型相符,表明该地区在十世纪初征服之后首次出现定居,并在十二世纪随着阿尔摩拉维王朝的迁徙而出现第二次人口涌入。这些经过精确年代测定的基因组为了解巴利阿里群岛中世纪的人口动态和健康状况提供了重要信息。

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来自阿尔泰地区的古代人类基因组揭示了公元4至12世纪人口的连续性和变迁

Ancient human genomes from the Altai region reveal population continuity and shifts in the 4th-12th centuries

阿尔泰地区是亚洲草原的十字路口。然而,该地区的人口历史仍未得到充分研究。我们分析了来自阿尔泰和鄂毕地区的古代人类基因组,构建了一个跨越约1400年的时间跨度,并获得了91个新的数据。我们发现,铁器时代的遗传多样性一直延续到中世纪,并且随着突厥文化习俗的兴起和传播,东亚遗传祖先的大规模扩散也随之发生。此外,我们在早期中世纪的阿尔泰地区发现了一个独特的谱系,其具有较高的古代北欧亚祖先比例,这为北欧亚狩猎采集者和现代北亚人群之间提供了一个缺失的环节。我们还识别出公元4至8世纪阿尔泰山区和森林草原地区人群之间独特的遗传模式和联系

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揭开中世纪大屠杀的真相:加泰罗尼亚(西班牙)犹太社区的基因历史

Uncovering a Medieval Pogrom: Genetic History of a Jewish Community in Catalonia (Spain)

黑死病大流行,加上14世纪欧洲的反犹氛围,导致针对犹太社区的暴力事件频发,其中包括1348年发生在西班牙加泰罗尼亚塔雷加的大规模屠杀。在塔雷加的罗克特斯墓地,六座公墓埋葬着至少69人,墓葬中留有暴力痕迹,其年代可追溯至14世纪中期。基于伊比利亚半岛中世纪犹太社区与其他古代和现代犹太社区在遗传上存在相似性的假设,本研究旨在提供此前未知的中世纪伊比利亚社区的基因组信息。方法:我们利用Twist古DNA富集捕获技术分析了来自罗克特斯墓地的16名个体的DNA。我们进行了基于核DNA和单亲遗传标记的多种古基因组分析,以确定他们的遗传相关性和群体起源。结果:主成分分析(PCA)和ADMIXTURE分析揭示了这些个体与古代和现代犹太群体的遗传亲缘关系。单亲遗传标记表现出高度多样性,与犹太社群的典型模式相符。qpAdm模型表明,罗克特斯人群的遗传组成可由迦南人(0.69)和伊比利亚非犹太非伊斯兰中世纪人群(0.31)混合构成。未检测到密切的遗传亲缘关系,但RHO分析表明存在一定程度的背景内婚现象。结论:这是首个报告中世纪伊比利亚犹太人基因组数据的研究。我们的发现揭示了罗克特斯人群与古代和现代犹太人群的基因组亲缘关系,并证实了此前将这些墓葬归因于1348年塔雷加大屠杀受害者的结论。

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来自阿尔泰山脉的高覆盖率尼安德特人基因组揭示了尼安德特人的种群结构

A high-coverage Neandertal genome from the Altai Mountains reveals population structure among Neandertals

我们对来自阿尔泰山脉丹尼索瓦洞穴、距今约11万年的男性尼安德特人进行了基因组测序,测序深度约为37倍,并将其与之前发表的高质量尼安德特人基因组进行对比分析。结果表明,该尼安德特人所属的群体与来自丹尼索瓦洞穴、距今约12万年的尼安德特人亲缘关系更近,而与欧洲尼安德特人或来自阿尔泰山脉查吉尔斯卡亚洞穴、距今约8万年的尼安德特人亲缘关系较远。丹尼索瓦洞穴的两名尼安德特人均显示出与丹尼索瓦人存在基因交流的证据,而这种模式在阿尔泰地区或西欧的后期尼安德特人中并未发现。阿尔泰地区尼安德特人(距今12万至8万年前)染色体纯合区域的范围表明,他们生活在比后来生活在欧洲的尼安德特人(距今5.4万至4万年前)更小、更孤立的群体中。我们估算了尼安德特人群体间等位基因频率分化的程度,发现阿尔泰地区较古老的东部尼安德特人和欧洲较年轻的西部尼安德特人之间的分化程度,与当今世界分化程度最高的人类群体相当。

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宋元之际鄂尔多斯高原两名个体的骨骼学与基因组综合分析

Integrated osteological and genomic analysis of two individuals from the Ordos Plateau during the Song–Yuan transition

Liang Chen · Journal of Archaeological Science: Reports

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BILGI Turkish Individual

BILGI Turkish Individual

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通过新石器时代晚期至铁器时代人类基因组揭示秦人形成过程中农牧互动关系

The farmer-pastoralist interactions in the formation of Qin people revealed by Late Neolithic to Iron Age human genomes

本文报道并分析了陕西省延安市宝塔区芦山峁遗址出土的3个新石器时代晚期人类基因组 和 陕西省宝鸡市凤翔区六营遗址出土的34个铁器时代人类基因组(东周时期)。

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南安第斯地区的本地农业转型、危机与迁徙

Local agricultural transition, crisis and migration in the Southern Andes

Ramiro Barberena · Nature

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中国北方农牧过渡地带农业社区的人群历史与生计:二道井子遗址的古DNA和同位素证据

Population history and subsistence of farming communities in an agro-pastoral transition zone of northern China: ancient DNA and isotopic evidence from the Erdaojingzi site

Xiaohong Lv · Scientific Reports

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巴布亚人的混血早于帕劳的定居

Papuan admixture predated the settlement of Palau

Yue-Chen Liu · Cell

第一批人类在距今3000年前抵达远洋洲,大致同时到达西南太平洋、马里亚纳群岛和帕劳。然而,帕劳一直缺乏全基因组古代DNA数据,我们通过报告来自四个考古遗址的21个个体(年代介于距今2900年至500年之间)的数据来填补这一空白。所有个体约有60%的祖先来自东亚人,40%来自巴布亚人,与现代帕劳人的祖先构成相似,这是远洋洲人口连续性最长的地区。最古老个体中连续的巴布亚祖先片段的长度表明,所有帕劳样本的祖先中,巴布亚人和东亚人之间的大规模混合早在首次定居之前就已经开始。这与西南太平洋的情况不同,在西南太平洋,来自三个不同岛屿的拉皮塔文化样本几乎完全具有东亚血统,仅在数百年后才观察到大量的巴布亚血统混合。

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