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古代DNA揭示了印加帝国之前太平洋沿岸的一个家族藏骨堂和长途迁徙

Ancient DNA reveals a family ossuary and long-distance migration on the Pacific coast before the Inca Empire

本文追踪了太平洋沿岸地区不晚于公元13世纪开始的长途迁徙。来自秘鲁南部钦查山谷的21个样本个体的全基因组数据显示，他们与北部约700公里处的人群拥有共同的祖先。最早的迁徙者拥有未混合的祖先，而随后的几代人中，通婚导致了来自邻近沿海地区的血统混合。葬于同一家族骨库的亲属实行近亲内婚制。我们构建了一个基于古代DNA的家谱和个体海洋饮食比例估计校准曲线的世代尺度贝叶斯模型，克服了太平洋沿岸地区长期以来在时间精确性方面存在的困难。这些数据表明，从13世纪到15世纪，该地区人口持续存在，这与颅骨改造和死后涂抹红色颜料的传统相吻合。我们揭示了紧密联系且影响深远的沿海互动网络，这些网络塑造了印加使者在将这些社区纳入其帝国之前所遇到的社会政治格局。

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四千多年来，东部草原与黄土高原交汇处发生了多次基因转变

Multiple Genetic Shifts at the Crossroads of the Eastern Steppe and Loess Plateau Over 4,000 Years

宁夏地处欧亚草原与东亚的交汇点，是文化交流和人口迁徙的重要通道，但其遗传历史却鲜为人知。本研究对宁夏23个考古遗址的89个个体进行了测序，年代跨越公元前4245年至公元前301年。研究结果表明，宁夏新石器时代晚期居民的祖先成分来自黄河流域、古代东北亚和青藏高原。随着时间的推移，该地区经历了与历史迁徙和政治变迁相关的重大遗传变化。西周和汉代（公元前3000年至1700年），中原政权的扩张促进了黄河流域人口向宁夏的迁徙，并影响了宁夏直至明清时期（公元前582年至公元前301年）的遗传结构。东周北青铜器文化（公元前2700年至2000年）的个体则显示出欧亚草原和黄河流域人口的混合特征。北朝和隋唐时期（距今1600-1000年），西欧亚血统显著增加，这可能反映了丝绸之路的人口流动。西夏的党夏族群与黄河上游的狄羌族群存在密切的遗传联系。通过重建宁夏从新石器时代晚期到清代（距今4200-301年）的遗传历史，揭示了受历史进程影响的复杂遗传动态。

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巨石文化中欧的远距离遗传相关性

Long-distance genetic relatedness in megalithic central Europe

欧洲新石器时代晚期的巨石纪念碑通常被视为共同祖先的象征。本研究分析了与西漏斗杯文化和瓦特贝格文化相关的六个巨石墓葬群中203名个体的全基因组数据。尽管这两个文化群体在考古学上被认为截然不同，但我们的研究结果表明，来自这两个群体的个体构成了一个遗传同质的群体。此外，我们还发现了跨越225公里的一级和二级亲缘关系，揭示了出乎意料的远距离联系以及持续的遗址间和群体间流动性。这六个墓葬群是公共墓地，并非仅用于埋葬近亲，这表明社会亲缘关系发挥了重要作用。与远隔欧洲的巨石文化人群的遗传联系证据有限，这表明纪念碑的传播是通过文化而非生物网络实现的。

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利用古代基因组重建印度尼西亚东西部遗传分化

Reconstructing the West-East Genetic Division in Indonesia Using Ancient Genomes

深水华莱士线标志着印度尼西亚东西部之间重要的生物地理分界线，但由于西印度尼西亚古代基因组数据有限，这一遗传分界的起源仍未得到解答。本研究报告了来自西印度尼西亚的两份新石器时代晚期基因组数据，并将其与已发表的19份来自岛屿东南亚（距今7000至200年）的古代基因组数据整合。我们的分析表明，东西向遗传结构的形成经历了两个阶段：全新世早期，东西向遗传分化，西部与狩猎采集者相关的祖先更接近和平文化相关人群，而东部与狩猎采集者相关的祖先更接近巴布亚文化相关人群；之后的新石器时代及后新石器时代人口过程，包括南岛语系扩张、东南亚大陆基因流入西华莱士区以及巴布亚文化相关人群回迁至东华莱士区，强化并重塑了早期的遗传结构。因此，我们提出了一种修订后的人口模型，其中全新世的反复迁徙作用于先前存在的区域差异，从而形成了当今印度尼西亚人口的遗传格局。

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已恢复的身份：圣马歇尔德鲁比孔（兰萨罗特岛，加那利群岛）的居民，这是大西洋扩张中的第一个欧洲城市

Recovered identities: The population of San Marcial de Rubicón (Lanzarote, Canary Islands), the first European city of the Atlantic expansion

欧洲向大西洋扩张的进程，旨在寻找新的领土进行统治和开发，在15世纪达到顶峰，而这一扩张的最早阶段便是在加那利群岛展开。群岛上的第一个欧洲定居点，一个名为圣马歇尔·德·鲁比孔（San Marcial de Rubicón）的小飞地，于1402年在兰萨罗特岛建立，并于1404年获得城市地位。这里标志着种族融合过程的起点，最终促成了殖民社会的形成，其中涉及加那利群岛原住民、欧洲殖民者和从非洲被贩运到岛上的奴隶的融合。为了更好地理解这一过程，我们对来自圣马歇尔·德·鲁比孔的五位个体进行了生物人类学和古基因组学分析。基于现有历史证据构建的贝叶斯放射性碳测年数据表明，这些个体生活在15世纪，并且根据生物人类学和遗传学分析，至少包括两名男性和两名女性。古基因组数据显示，这两名男性拥有与欧洲起源相符的全球血统，这可能与征服时期及之后抵达该岛的安达卢西亚人有关。两名女性的血统则与北非相关，很可能与作为劳动力被带到岛上的摩里斯科人有关。由此可见，圣马歇尔德鲁比孔遗址的这两名个体代表了加那利群岛殖民社会萌芽时期两位主要人物的首次相遇，凸显了多学科考古学在揭示源于欧洲大航海时代的复杂人口演变过程中的巨大潜力。

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沙陀突厥领袖李克用的古代基因组图谱

Ancient genomic profile of the Shatuo Turkic leader Li Keyong

沙佗突厥人在中国晚唐和五代时期扮演了举足轻重的角色。然而，与其他突厥语族群类似，沙佗的遗传历史和人口起源仍然知之甚少。本研究通过分析后唐开国领袖李克用（公元856年—908年）的古代DNA，对一位沙佗领袖进行了基因组学研究，为阐明这一关键族群的遗传组成和起源提供了契机。通过包括主成分分析（PCA）、混合分析（ADMIXTURE）、F统计量和qpAdm模型在内的综合群体遗传学分析，我们发现李克庸的混合比例接近平衡，其中53.4%为古代东北亚血统，46.6%为西部草原血统。此外，他还携带了西欧亚父系血统（R1a1a1b2∼AM01870）和东部草原母系血统（C4a1a+195）。这一基因谱系与阿史那王室主要由东北亚血统构成形成鲜明对比，凸显了突厥联盟内部显著的遗传异质性。我们的研究结果表明，沙陀人起源于复杂的跨欧亚大陆互动，这与多民族起源的假说相符。

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公元400-700年罗马边境南德意志地区的人口统计和生活史

Demography and Life Histories across the Roman Frontier in Southern Germany 400-700 CE

长期以来，人们一直将西欧和中欧从古代向中世纪过渡时期新政治和社会结构的出现归因于大规模人口迁徙。然而，越来越多的证据表明，小群体流动在重塑罗马世界方面发挥了重要作用。本文展示了来自前罗马帝国边境地区德国南部的258个古代基因组，并将其与2500个古代基因组和379个现代基因组进行了对比分析。群体遗传学分析揭示了一次重大的人口结构转变，该转变与公元5世纪末罗马国家结构的崩溃同时发生。当时，一个具有北欧血统的创始群体与遗传多样性丰​​富的罗马行省群体融合。谱系重建和亲缘关系推断（一种推断未采样亲属血统的方法）表明，当时通婚现象普遍存在，文化差异极小。这种遗传结构一直延续到6世纪，到7世纪初，随着不同族群的混合，最终形成了类似于现代中欧人的群体。利用 Chronograph 软件对具有谱系关联的个体进行年代测定，我们估算出当时的世代周期为 28 年，女性预期寿命为 39.8 岁，男性为 43.3 岁，婴儿死亡率高，近四分之一的儿童在 10 岁前至少失去一位父母，但大多数儿童仍然与祖父母一起长大。家谱进一步揭示，当时的社会以核心家庭为中心，实行终身一夫一妻制，严格避免近亲结婚，血统传承方式灵活，且不存在利未婚，这表明其与后来塑造欧洲家庭的晚期罗马社会习俗一脉相承。

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对英格兰西南部古代个体的基因组分析

Genomic analysis of ancient individuals from south-western England

对来自英格兰西南部十二个遗址的30个个体（所有个体的放射性碳测年结果均在公元前4000年至公元前1300年之间）的基因组进行分析，发现公元前3000年至公元前2500年左右发生了一次显著的遗传转变。

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皮亚斯特王朝及相关欧洲王室家族的遗传谱系

Genetic genealogy of the Piast dynasty and related European royal families

皮亚斯特王朝是公元10世纪塑造中世纪欧洲政治格局的王室王朝之一。尽管他们作为早期波兰王国的缔造者和统治者举足轻重，但人们对皮亚斯特王朝的起源、波兰向中世纪君主制国家转型的条件，以及10世纪中东欧政治实体形成的机制却知之甚少。本文对散布在波兰各地的皮亚斯特王朝墓地进行了跨学科研究。在八个遗址中，我们发现了33具疑似属于皮亚斯特王朝的骨骼遗骸。考古基因组学分析证实了其中十具遗骸属于皮亚斯特王朝。基于这些遗骸的基因组数据，我们确定了来自10个欧洲王室王朝的200多位历史人物的线粒体单倍群。在皮亚斯特王朝中发现的Y染色体单倍群谱系（R1b-BY3549）目前较为罕见。在古代DNA数据库中，三个生活在西北欧（今法国、荷兰和英国）的个体拥有相同的Y染色体单倍群谱系。这些发现共同表明，皮亚斯特王朝并非本地起源，并支持这样一种假设：9至11世纪发生在东欧中部的国家构建过程不仅受到当地精英的影响，也受到外来因素的影响。

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巴黎盆地人口的不连续性与新石器时代衰落的证据有关

Population discontinuity in the Paris Basin linked to evidence of the Neolithic Decline

公元前三千年至公元前四千年过渡时期，有证据表明，西北欧大陆巨石建筑的终结伴随着人口的下降。在斯堪的纳维亚半岛，这种“新石器时代衰落”之后发生了大规模的人口更替，农业社群消失，取而代之的是具有草原血统的人群。然而，在西欧，与新石器时代农民相关的血统在新石器时代衰落之后仍然存在，目前尚不清楚是否也发生了类似的人口更替。为了研究当今法国新石器时代衰落前后的人口动态，我们对来自布里墓葬巷（allée sépulcrale）的132个古代基因组进行了测序。布里位于巴黎地区，其墓葬活动跨越了两个阶段，中间有一段没有墓葬活动的空白期：一个阶段紧随公元前四千年晚期的新石器时代衰落之前，大约结束于公元前3000年；另一个阶段则发生在公元前三千年早期至中期，新石器时代衰落之后。我们的分析表明，伯里遗址的两个墓葬阶段代表了遗传背景截然不同的两个群体，这可以从三个大型谱系推断出来，这两个群体具有显著不同的社会组织。我们发现，这两个墓葬阶段之间的差异与新石器时代祖先从南方向北迁徙有关，这种迁徙直到公元前2900年左右新石器时代衰落之后才扩散到巴黎盆地。结合数据集中存在的多种传染病（例如鼠疫耶尔森菌和回归热螺旋体）的遗传证据，以及两个墓葬阶段之间森林再生的证据，这些发现揭示了公元前四千年末期的人口更替，并为巨石建筑的停止建造提供了一种可能的解释。

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黄河中游6000年基因组横断面研究

A 6,000-year genomic transect in the middle Yellow River

本文介绍了从中国中部和北部八个遗址挖掘出的 112 个个体的全基因组数据，这些个体的年代跨越了距今 6000 年至 300 年（BP）。

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对伊维萨岛中世纪墓葬的分析揭示了伊斯兰时期遗传和病原体的多样性。

Analysis of medieval burials from Ibiza reveals genetic and pathogenic diversity during the Islamic period

伊维萨岛位于今天的西班牙境内，公元902年被科尔多瓦倭马亚王朝征服。该岛一直处于伊斯兰统治之下，直至1235年。本文分析了伊维萨岛一处伊斯兰墓地中13位个体的基因组和宏基因组图谱，这些个体的年代可追溯至公元950年至1150年。全基因组分析揭示了其遗传异质性，其祖先成分来自欧洲、北非和撒哈拉以南非洲。我们的分析估计，北非基因流动发生在这些个体生活的两到七代之前，这表明在伊斯兰征服伊比利亚半岛之后，甚至可能在伊维萨岛本身，都发生了基因混合。值得注意的是，有两位个体的撒哈拉以南非洲祖先分别来自不同的地区：塞内冈比亚和今天的乍得南部，这为当时阿拉伯文献记载的通过军事和奴隶网络建立的跨撒哈拉联系提供了直接证据。宏基因组分析在该人群中检测到多种病原体，其中一人携带麻风分枝杆菌，这为了解麻风病在伊维萨岛的存在提供了线索。我们的发现与历史记载的双脉冲人口模型相符，表明该地区在十世纪初征服之后首次出现定居，并在十二世纪随着阿尔摩拉维王朝的迁徙而出现第二次人口涌入。这些经过精确年代测定的基因组为了解巴利阿里群岛中世纪的人口动态和健康状况提供了重要信息。

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来自阿尔泰地区的古代人类基因组揭示了公元4至12世纪人口的连续性和变迁

Ancient human genomes from the Altai region reveal population continuity and shifts in the 4th-12th centuries

阿尔泰地区是亚洲草原的十字路口。然而，该地区的人口历史仍未得到充分研究。我们分析了来自阿尔泰和鄂毕地区的古代人类基因组，构建了一个跨越约1400年的时间跨度，并获得了91个新的数据。我们发现，铁器时代的遗传多样性一直延续到中世纪，并且随着突厥文化习俗的兴起和传播，东亚遗传祖先的大规模扩散也随之发生。此外，我们在早期中世纪的阿尔泰地区发现了一个独特的谱系，其具有较高的古代北欧亚祖先比例，这为北欧亚狩猎采集者和现代北亚人群之间提供了一个缺失的环节。我们还识别出公元4至8世纪阿尔泰山区和森林草原地区人群之间独特的遗传模式和联系

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揭开中世纪大屠杀的真相：加泰罗尼亚（西班牙）犹太社区的基因历史

Uncovering a Medieval Pogrom: Genetic History of a Jewish Community in Catalonia (Spain)

黑死病大流行，加上14世纪欧洲的反犹氛围，导致针对犹太社区的暴力事件频发，其中包括1348年发生在西班牙加泰罗尼亚塔雷加的大规模屠杀。在塔雷加的罗克特斯墓地，六座公墓埋葬着至少69人，墓葬中留有暴力痕迹，其年代可追溯至14世纪中期。基于伊比利亚半岛中世纪犹太社区与其他古代和现代犹太社区在遗传上存在相似性的假设，本研究旨在提供此前未知的中世纪伊比利亚社区的基因组信息。方法：我们利用Twist古DNA富集捕获技术分析了来自罗克特斯墓地的16名个体的DNA。我们进行了基于核DNA和单亲遗传标记的多种古基因组分析，以确定他们的遗传相关性和群体起源。结果：主成分分析（PCA）和ADMIXTURE分析揭示了这些个体与古代和现代犹太群体的遗传亲缘关系。单亲遗传标记表现出高度多样性，与犹太社群的典型模式相符。qpAdm模型表明，罗克特斯人群的遗传组成可由迦南人（0.69）和伊比利亚非犹太非伊斯兰中世纪人群（0.31）混合构成。未检测到密切的遗传亲缘关系，但RHO分析表明存在一定程度的背景内婚现象。结论：这是首个报告中世纪伊比利亚犹太人基因组数据的研究。我们的发现揭示了罗克特斯人群与古代和现代犹太人群的基因组亲缘关系，并证实了此前将这些墓葬归因于1348年塔雷加大屠杀受害者的结论。

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来自阿尔泰山脉的高覆盖率尼安德特人基因组揭示了尼安德特人的种群结构

A high-coverage Neandertal genome from the Altai Mountains reveals population structure among Neandertals

我们对来自阿尔泰山脉丹尼索瓦洞穴、距今约11万年的男性尼安德特人进行了基因组测序，测序深度约为37倍，并将其与之前发表的高质量尼安德特人基因组进行对比分析。结果表明，该尼安德特人所属的群体与来自丹尼索瓦洞穴、距今约12万年的尼安德特人亲缘关系更近，而与欧洲尼安德特人或来自阿尔泰山脉查吉尔斯卡亚洞穴、距今约8万年的尼安德特人亲缘关系较远。丹尼索瓦洞穴的两名尼安德特人均显示出与丹尼索瓦人存在基因交流的证据，而这种模式在阿尔泰地区或西欧的后期尼安德特人中并未发现。阿尔泰地区尼安德特人（距今12万至8万年前）染色体纯合区域的范围表明，他们生活在比后来生活在欧洲的尼安德特人（距今5.4万至4万年前）更小、更孤立的群体中。我们估算了尼安德特人群体间等位基因频率分化的程度，发现阿尔泰地区较古老的东部尼安德特人和欧洲较年轻的西部尼安德特人之间的分化程度，与当今世界分化程度最高的人类群体相当。

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BILGI Turkish Individual

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通过新石器时代晚期至铁器时代人类基因组揭示秦人形成过程中农牧互动关系

The farmer-pastoralist interactions in the formation of Qin people revealed by Late Neolithic to Iron Age human genomes

本文报道并分析了陕西省延安市宝塔区芦山峁遗址出土的3个新石器时代晚期人类基因组 和 陕西省宝鸡市凤翔区六营遗址出土的34个铁器时代人类基因组（东周时期）。

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巴布亚人的混血早于帕劳的定居

Papuan admixture predated the settlement of Palau

第一批人类在距今3000年前抵达远洋洲，大致同时到达西南太平洋、马里亚纳群岛和帕劳。然而，帕劳一直缺乏全基因组古代DNA数据，我们通过报告来自四个考古遗址的21个个体（年代介于距今2900年至500年之间）的数据来填补这一空白。所有个体约有60%的祖先来自东亚人，40%来自巴布亚人，与现代帕劳人的祖先构成相似，这是远洋洲人口连续性最长的地区。最古老个体中连续的巴布亚祖先片段的长度表明，所有帕劳样本的祖先中，巴布亚人和东亚人之间的大规模混合早在首次定居之前就已经开始。这与西南太平洋的情况不同，在西南太平洋，来自三个不同岛屿的拉皮塔文化样本几乎完全具有东亚血统，仅在数百年后才观察到大量的巴布亚血统混合。

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