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Ancient human genome-wide data from a 3000-year interval in the Caucasus corresponds with eco-geographic regions
暂无中文摘要
Ancient human genome-wide data from a 3000-year interval in the Caucasus corresponds with eco-geographic regions
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Analysis of the human Y-chromosome haplogroup Q characterizes ancient population movements in Eurasia and the Americas
背景 近期对现代和古代样本的基因组研究表明，美洲原住民起源于欧亚基因库的一个子集，该子集由祖先白令海峡人群携带至美洲。该子集由两个高度分化的组成部分组成，并在其向美洲扩张的过程中以不同的比例混合。为了评估这些组成部分的起源时间、地点和混合程度，我们对Y染色体单倍群Q进行了分析。Q是唯一一个泛美洲单倍群，几乎涵盖了中美洲和南美洲所有美洲原住民的Y染色体。 结果 我们对152条Y染色体（其中34条进行了重测序）的1.5 Mb数据进行了分析，结果支持现代人类首次进入北美的“沿海和内陆路线图”。我们发现，美洲男性人口在距今1.5万年前（kya）后经历了一个主要的增长阶段，随后在8万年前至3万年前经历了一段人口规模保持稳定的时期，此后出现了第二次增长迹象。中美洲和哥伦比亚地峡地区首次扩张的估计日期（主要由单倍群Q-Z780揭示）表明，该族群在距今1.5万年前之前就已进入南美洲。在全球人口规模保持稳定的阶段，不同的Q-M848亚支系记录了南美洲局部地区的增长迹象。这些扩张事件始于全新世，伴随气候条件的改善，可以归因于多重文化变迁，而非像欧洲那样，由稳定的人口增长和单一的、有凝聚力的文化传播所致。 结论 我们建立并测定了详细的单倍群Q系统发育史，为理解其在现代和古代样本中欧亚和美洲分支的地理分布提供了新的见解。
Analysis of the human Y-chromosome haplogroup Q characterizes ancient population movements in Eurasia and the Americas
背景 近期对现代和古代样本的基因组研究表明，美洲原住民起源于欧亚基因库的一个子集，该子集由祖先白令海峡人群携带至美洲。该子集由两个高度分化的组成部分组成，并在其向美洲扩张的过程中以不同的比例混合。为了评估这些组成部分的起源时间、地点和混合程度，我们对Y染色体单倍群Q进行了分析。Q是唯一一个泛美洲单倍群，几乎涵盖了中美洲和南美洲所有美洲原住民的Y染色体。 结果 我们对152条Y染色体（其中34条进行了重测序）的1.5 Mb数据进行了分析，结果支持现代人类首次进入北美的“沿海和内陆路线图”。我们发现，美洲男性人口在距今1.5万年前（kya）后经历了一个主要的增长阶段，随后在8万年前至3万年前经历了一段人口规模保持稳定的时期，此后出现了第二次增长迹象。中美洲和哥伦比亚地峡地区首次扩张的估计日期（主要由单倍群Q-Z780揭示）表明，该族群在距今1.5万年前之前就已进入南美洲。在全球人口规模保持稳定的阶段，不同的Q-M848亚支系记录了南美洲局部地区的增长迹象。这些扩张事件始于全新世，伴随气候条件的改善，可以归因于多重文化变迁，而非像欧洲那样，由稳定的人口增长和单一的、有凝聚力的文化传播所致。 结论 我们建立并测定了详细的单倍群Q系统发育史，为理解其在现代和古代样本中欧亚和美洲分支的地理分布提供了新的见解。
The Prehistoric Peopling of Southeast Asia
东南亚 (SEA) 的人类居住历史仍然存在很大争议。目前的证据表明，直到大约 4000 年前，Hòabìnhian 狩猎采集者才占领了 SEA，当时农业经济不断发展壮大，将觅食群体限制在偏远的栖息地。一些人认为农业发展是本土的；另一些人则支持“双层”假设，即农民向南扩张，导致了当今东南亚的遗传多样性。通过对 26 个古人类基因组（25 个来自 SEA，1 个来自日本绳纹人）进行测序，我们发现这两种解释都不符合东南亚历史的复杂性：Hòabìnhian 狩猎采集者和东亚农民都为当前的东南亚多样性做出了贡献，进一步的迁移影响了岛屿 SEA 和越南。我们的研究结果有助于解决东南亚史前史中长期存在的争议之一。
The Prehistoric Peopling of Southeast Asia
东南亚 (SEA) 的人类居住历史仍然存在很大争议。目前的证据表明，直到大约 4000 年前，Hòabìnhian 狩猎采集者才占领了 SEA，当时农业经济不断发展壮大，将觅食群体限制在偏远的栖息地。一些人认为农业发展是本土的；另一些人则支持“双层”假设，即农民向南扩张，导致了当今东南亚的遗传多样性。通过对 26 个古人类基因组（25 个来自 SEA，1 个来自日本绳纹人）进行测序，我们发现这两种解释都不符合东南亚历史的复杂性：Hòabìnhian 狩猎采集者和东亚农民都为当前的东南亚多样性做出了贡献，进一步的迁移影响了岛屿 SEA 和越南。我们的研究结果有助于解决东南亚史前史中长期存在的争议之一。
137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes
数千年来，欧亚草原一直是人类迁徙和文化变迁的中心。本文对137个古代人类样本（平均测序深度约为1倍）进行了基因组测序，时间跨度长达4000年，旨在了解青铜时代迁徙之后欧亚草原的人口历史。我们发现，在整个铁器时代主导欧亚草原的斯基泰人群的遗传结构高度复杂，其起源多样，包括青铜时代晚期的牧民、欧洲农民和西伯利亚南部的狩猎采集者。之后，斯基泰人与东部草原游牧民族融合，形成了匈奴联盟，并在公元前二至三世纪左右向西迁徙，在公元四至五世纪形成了匈奴文化，并将一种瘟疫带到了西欧，这种瘟疫是查士丁尼瘟疫的雏形。在中世纪时期的几个短暂汗国中，这些游牧民族与东亚人群进一步融合。这些历史事件使欧亚草原从主要由西欧亚血统的印欧语系人群居住，转变为如今主要由东亚血统的突厥语系人群居住。
137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes
数千年来，欧亚草原一直是人类迁徙和文化变迁的中心。本文对137个古代人类样本（平均测序深度约为1倍）进行了基因组测序，时间跨度长达4000年，旨在了解青铜时代迁徙之后欧亚草原的人口历史。我们发现，在整个铁器时代主导欧亚草原的斯基泰人群的遗传结构高度复杂，其起源多样，包括青铜时代晚期的牧民、欧洲农民和西伯利亚南部的狩猎采集者。之后，斯基泰人与东部草原游牧民族融合，形成了匈奴联盟，并在公元前二至三世纪左右向西迁徙，在公元四至五世纪形成了匈奴文化，并将一种瘟疫带到了西欧，这种瘟疫是查士丁尼瘟疫的雏形。在中世纪时期的几个短暂汗国中，这些游牧民族与东亚人群进一步融合。这些历史事件使欧亚草原从主要由西欧亚血统的印欧语系人群居住，转变为如今主要由东亚血统的突厥语系人群居住。
Pleistocene North African genomes link Near Eastern and sub-Saharan African human populations
北非是了解人类历史的关键区域，但其居民的遗传历史却鲜为人知。我们展示了来自摩洛哥的七具距今15000年的现代人类的基因组数据，这些现代人类被归类为伊比利亚-毛里求斯文化。我们发现他们与全新世早期近东人群（以黎凡特纳图夫人为代表）存在遗传亲缘关系，这表明非洲和近东在农业出现之前就存在联系。我们没有发现旧石器时代欧洲人向晚更新世北非人进行基因交流的证据。塔福拉特遗址的个体三分之一的祖先来自撒哈拉以南非洲人，这可以近似地用现今西非和东非人身上保存的遗传成分混合来解释。因此，我们提供了更新世时期现代人类在非洲和欧亚大陆之间进行基因交流的直接证据。
Pleistocene North African genomes link Near Eastern and sub-Saharan African human populations
北非是了解人类历史的关键区域，但其居民的遗传历史却鲜为人知。我们展示了来自摩洛哥的七具距今15000年的现代人类的基因组数据，这些现代人类被归类为伊比利亚-毛里求斯文化。我们发现他们与全新世早期近东人群（以黎凡特纳图夫人为代表）存在遗传亲缘关系，这表明非洲和近东在农业出现之前就存在联系。我们没有发现旧石器时代欧洲人向晚更新世北非人进行基因交流的证据。塔福拉特遗址的个体三分之一的祖先来自撒哈拉以南非洲人，这可以近似地用现今西非和东非人身上保存的遗传成分混合来解释。因此，我们提供了更新世时期现代人类在非洲和欧亚大陆之间进行基因交流的直接证据。
The genetic variation in the R1a clade among the Ashkenazi Levites’ Y chromosome
全球约有30万男性自认为是阿什肯纳兹利未人，其中三分之二此前已被证实源自同一位男性。由于缺乏完整的Y染色体序列，无法确定这位祖先的年龄、地理起源和迁徙模式。本文报告了486条Y染色体的变异情况，这些变异包括阿什肯纳兹利未人和非阿什肯纳兹利未人R1a分支、其他阿什肯纳兹犹太父系谱系，以及非利未犹太人和非犹太人R1a样本。总体而言，我们初步构建了一个祖先的谱系图谱，该祖先来自中东，自认为是利未人，并携带高度解析的R1a-Y2619谱系，该谱系很可能是希伯来人中的一个次要单倍群。星状系统发育树，与其他阿什肯纳兹父系谱系相似地聚合，距今约 1743 年，表明它是阿什肯纳兹父系创始人之一；作为阿什肯纳兹人口整体扩张的一部分而扩张，与利未人血统没有特殊关系；随后传播到非阿什肯纳兹利未人。
The genetic variation in the R1a clade among the Ashkenazi Levites’ Y chromosome
全球约有30万男性自认为是阿什肯纳兹利未人，其中三分之二此前已被证实源自同一位男性。由于缺乏完整的Y染色体序列，无法确定这位祖先的年龄、地理起源和迁徙模式。本文报告了486条Y染色体的变异情况，这些变异包括阿什肯纳兹利未人和非阿什肯纳兹利未人R1a分支、其他阿什肯纳兹犹太父系谱系，以及非利未犹太人和非犹太人R1a样本。总体而言，我们初步构建了一个祖先的谱系图谱，该祖先来自中东，自认为是利未人，并携带高度解析的R1a-Y2619谱系，该谱系很可能是希伯来人中的一个次要单倍群。星状系统发育树，与其他阿什肯纳兹父系谱系相似地聚合，距今约 1743 年，表明它是阿什肯纳兹父系创始人之一；作为阿什肯纳兹人口整体扩张的一部分而扩张，与利未人血统没有特殊关系；随后传播到非阿什肯纳兹利未人。
Ancient Egyptian mummy genomes suggest an increase of Sub-Saharan African ancestry in post-Roman periods
埃及位于非洲地峡，因其地理位置优越，且有文献记载其与非洲、亚洲和欧洲古代文明的互动，是研究历史人口动态的理想地区。尤其是在公元前一千年，埃及遭受了外国统治，导致越来越多的外国人在其境内生活，这可能对当地人口的遗传构成了贡献。本文展示了从埃及木乃伊中提取的90个线粒体基因组以及来自三个个体的全基因组数据集。从中埃及发现的样本涵盖了从新王国时期到罗马时期约1300年的古埃及历史。我们的分析表明，与现代埃及人相比，古埃及人与近东人拥有更多的共同祖先，而现代埃及人在近代又融合了撒哈拉以南地区的基因。这项分析确立了古埃及木乃伊作为研究古人类历史的遗传来源的地位，并提供了从全基因组层面解读埃及历史的视角。
Ancient Egyptian mummy genomes suggest an increase of Sub-Saharan African ancestry in post-Roman periods
埃及位于非洲地峡，因其地理位置优越，且有文献记载其与非洲、亚洲和欧洲古代文明的互动，是研究历史人口动态的理想地区。尤其是在公元前一千年，埃及遭受了外国统治，导致越来越多的外国人在其境内生活，这可能对当地人口的遗传构成了贡献。本文展示了从埃及木乃伊中提取的90个线粒体基因组以及来自三个个体的全基因组数据集。从中埃及发现的样本涵盖了从新王国时期到罗马时期约1300年的古埃及历史。我们的分析表明，与现代埃及人相比，古埃及人与近东人拥有更多的共同祖先，而现代埃及人在近代又融合了撒哈拉以南地区的基因。这项分析确立了古埃及木乃伊作为研究古人类历史的遗传来源的地位，并提供了从全基因组层面解读埃及历史的视角。
Extremely low-coverage whole genome sequencing in South Asians captures population genomics information
暂无中文摘要
Extremely low-coverage whole genome sequencing in South Asians captures population genomics information
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Genome-wide data from two early Neolithic East Asian individuals dating to 7700 years ago
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Genome-wide data from two early Neolithic East Asian individuals dating to 7700 years ago
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Characterization of mitochondrial DNA polymorphisms in the Han population in Liaoning Province，Northeast China
暂无中文摘要
Characterization of mitochondrial DNA polymorphisms in the Han population in Liaoning Province，Northeast China
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Reconstructing genetic history of Siberian and Northeastern European populations
西伯利亚和俄罗斯西北部是40多个文化和语言各异的土著民族的家园，然而，该地区人群的遗传变异和历史却鲜为人知。我们对来自该地区14个不同土著群体的28名个体进行了深度全基因组测序（约38倍）。我们将这些数据与另外32个现代人和46个古代人类的基因组相结合，重建了几个北欧亚土著人群的遗传历史。我们发现，西伯利亚和东亚人群与一位4.5万年前的乌斯季伊希姆（Ust’-Ishim）个体拥有38%的共同祖先，而此前人们认为这位个体没有现代后裔。西伯利亚西部人群则有57%的祖先可以追溯到古代北欧亚人，其代表人物是2.4万年前的西伯利亚马尔塔（Mal'ta）男孩MA-1。东西伯利亚人群形成了一个独特的亚谱系，大约在1万年前与其他东亚人群分离。此外，我们还发现了西伯利亚人与来自萨马拉、卡累利阿、匈牙利和瑞典的东欧狩猎采集者（距今8000-6600年）、亚姆纳亚人（距今5300-4700年）以及现代东北欧人的基因混合。我们的研究结果为西伯利亚和东北欧人群的遗传历史提供了新的见解，并证实了古代基因从西伯利亚流入欧洲。
Reconstructing genetic history of Siberian and Northeastern European populations
西伯利亚和俄罗斯西北部是40多个文化和语言各异的土著民族的家园，然而，该地区人群的遗传变异和历史却鲜为人知。我们对来自该地区14个不同土著群体的28名个体进行了深度全基因组测序（约38倍）。我们将这些数据与另外32个现代人和46个古代人类的基因组相结合，重建了几个北欧亚土著人群的遗传历史。我们发现，西伯利亚和东亚人群与一位4.5万年前的乌斯季伊希姆（Ust’-Ishim）个体拥有38%的共同祖先，而此前人们认为这位个体没有现代后裔。西伯利亚西部人群则有57%的祖先可以追溯到古代北欧亚人，其代表人物是2.4万年前的西伯利亚马尔塔（Mal'ta）男孩MA-1。东西伯利亚人群形成了一个独特的亚谱系，大约在1万年前与其他东亚人群分离。此外，我们还发现了西伯利亚人与来自萨马拉、卡累利阿、匈牙利和瑞典的东欧狩猎采集者（距今8000-6600年）、亚姆纳亚人（距今5300-4700年）以及现代东北欧人的基因混合。我们的研究结果为西伯利亚和东北欧人群的遗传历史提供了新的见解，并证实了古代基因从西伯利亚流入欧洲。
