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古代疟原虫基因组揭示人类疟疾的历史

Ancient Plasmodium genomes shed light on the history of human malaria

Megan Michel · Nature

引起疟疾的疟原虫属原生生物,对人类基因组施加了最强烈的选择压力之一;相关抗性等位基因留下的生物分子痕迹,勾勒出这些病原体在历史上的分布范围。然而,疟原虫何时、如何成为人类病原体,以及如何传播到世界各地,仍存在争议。 为回答这些问题,我们获得了来自16个国家、跨越约5500年人类历史的恶性疟原虫、间日疟原虫和三日疟原虫高覆盖度古代线粒体及核基因组数据。我们分别在早至公元前第四千纪和第一千纪的欧亚大陆不同地区发现间日疟原虫与恶性疟原虫;其中,间日疟原虫的证据比文字记载早数千年。 基因组分析支持美洲恶性疟与间日疟具有不同的传播历史。如今已在欧洲消除的间日疟原虫,与南美欧洲接触前后时期的虫株相似,提示欧洲殖民者将间日疟带入美洲;恶性疟则可能通过跨大西洋奴隶贸易引入。数据强调了跨文化接触在疟疾传播中的作用,为未来研究疟原虫对人类历史影响的古流行病学奠定了生物分子基础。我们还在喜马拉雅高海拔地区意外发现恶性疟原虫,为依据感染状态推断个体流动提供了少见案例,丰富了对近3000年前该地区跨文化联系的认识。

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冶金发展与西伯利亚祖源背景下的北欧亚青铜时代遗传学

Bronze age Northern Eurasian genetics in the context of development of metallurgy and Siberian ancestry

Ainash Childebayeva · Communications Biology

欧亚青铜时代通常被视为大规模人类迁徙、畜牧业兴起、马匹驯化和冶金发展的时期。本研究聚焦北欧亚两处具有西伯利亚相关祖源的遗址。其中,罗斯托夫卡与塞伊玛—图尔宾诺现象有关;这一约发生于公元前2200至1900年的现象,以遍布北欧亚的精美金属器物为特征。 罗斯托夫卡个体的遗传特征沿森林—苔原西伯利亚遗传渐变带广泛分布,这一渐变带今天仍见于许多乌拉尔语人群。所观察到的遗传异质性,与目前将塞伊玛—图尔宾诺视为跨文化现象的认识一致。相比之下,科拉半岛大鹿岛遗址的个体在西伯利亚祖源渐变带上形成了更紧密的聚类。 我们进一步探索了这种西伯利亚祖源特征,并评估塞伊玛—图尔宾诺现象及其他同时期青铜时代文化,在乌拉尔语和西伯利亚祖源传播过程中的作用。

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对西西里岛希梅拉公元前五世纪骨骼的基因组分析揭示了确诊的软骨发育不全病例

Genomic analysis of 5th century BCE skeleton from Himera, Sicily, reveals confirmed case of achondroplasia

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中欧早期凯尔特人精英中继位的证据

Evidence for dynastic succession among early Celtic elites in Central Europe

Joscha Gretzinger · Nature Human Behaviour

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黑龙江流域明代洪河人群古基因组学研究 - 吉林大学

Ancient genomic study of Honghe population in the Ming Dynasty from Heilongjiang River Basin

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中原地区仰韶文化时期汪沟遗址的古基因组学研究 - 吉林大学

Ancient Genomics study of the Wanggou Site population in the Yangshao Culture Period from the Central Plains Region

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生物考古学帮助理解意大利中部塔尔奎尼亚公元前9至7世纪六名个体的文化与能动性

Bioarchaeology aids the cultural understanding of six characters in search of their agency (Tarquinia, ninth–seventh century BC, central Italy)

G. Bagnasco · Scientific Reports

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古代基因组揭示了古代西部藏族复杂的人类互动

Ancient genomes revealed the complex human interactions of the ancient western Tibetans

Fan Bai · Current Biology

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捕捉墨洛温王朝佛兰德斯地区两种祖先和亲属结构的融合

Capturing the fusion of two ancestries and kinship structures in Merovingian Flanders

Stefania Sasso · Proceedings of the National Academy of Sciences

墨洛温王朝时期(公元5至8世纪)是西欧人口、社会经济、文化和政治格局重组的时期。本文报道了来自科克赛德(Koksijde,公元675至750年)沿海晚期墨洛温王朝遗址的30具人类骨骼遗骸的全基因组鸟枪法测序数据,以及来自比利时弗兰德斯地区两处早期至晚期中世纪遗址的18具遗骸的全基因组鸟枪法测序数据。我们发现了两种截然不同的祖先构成,一种与早期中世纪的英格兰和荷兰共享,另一种构成较小,可能反映了来自欧洲大陆的高卢祖先。亲缘关系分析并未发现精英墓葬特有的庞大谱系,而是揭示了主要祖先群体中个体间远亲关系的高度模块化。相比之下,高卢祖先成分超过90%的个体在样本中没有发现任何亲缘关系。人口结构证据以及主要人群(包括一对母女)中高卢血统程度的显著差异表明,在她们下葬时,该社群中仍在进行种族混合。同位素和遗传证据相结合,支持这样一种模型:这些墓葬代表了一个已建立的沿海非精英社群,其中混入了来自内陆的移民。科克赛德的主要墓葬群与附近的中世纪盛期遗址存在大量长度超过5 cM的共享等位基因区间,这表明存在长期的延续性,并提示与英国类似,中世纪早期的祖先变迁对弗拉芒人群的遗传构成产生了显著而持久的影响。我们发现,在色素沉着和饮食相关变异(包括与乳糖酶持续性相关的变异)方面,两个祖先群体之间存在显著的等位基因频率差异,这可能反映的是祖先的改变,而非局部适应。

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利用古DNA与低覆盖度基因组鉴定克里特岛阿代莱18名二战遇害平民

Identification of the 18 World War II executed citizens of Adele, Rethymnon, Crete using an ancient DNA approach and low coverage genomes

Nikolaos Psonis · Forensic Science International: Genetics

第二次世界大战期间,德军在占领希腊的克里特岛战役中遭到强烈的平民抵抗。为报复人员损失,德军在岛上多地实施大规模处决。雷西姆农地区阿代莱村的18名男性平民遇害后,被埋葬于萨拉基纳的一处墓坑。本研究应当地社区请求,为人道主义目的对18具颅骨进行身份鉴定,也是首项针对发生于希腊境内战争冲突开展的此类研究。 研究通过古DNA方法及低覆盖度全基因组测序开展遗骸分子鉴定,对遇害者的在世亲属进行低深度基因组测序,对颅骨进行高通量历史DNA分析,并利用遗传相关性推断遇害者之间的亲缘程度。结合有针对性的人类学分析,我们完成了全部18名遇害者的身份确认。 结果表明,这一方法可作为信息量丰富的法医工具,用于战争遇害者鉴定及其他降解DNA研究,为在希腊及其他地区系统开展战争遇害者身份确认提供了路径。

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古代基因组揭示了奇琴伊察仪式生活的见解

Ancient genomes reveal insights into ritual life at Chichén Itzá

Rodrigo Barquera · Nature

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罗马尼亚希斯特里亚罗马帝国时期个体的古DNA与古蛋白质组分析

Ancient DNA and paleoproteomic analysis on Roman Imperial-era individuals from Histria, Romania

Sterling L. Wright · Journal of Archaeological Science: Reports

古代生物分子已成为考古研究中认识人口迁徙与健康的重要组成部分。尽管这些技术能够阐明有历史记载的人类流动及不同文化群体之间的互动,在一些历史与考古背景下仍未得到充分利用。多瑙河下游的罗马帝国边疆就是其中之一:地中海移民与草原牧民等不同人群,在这里经历了五百余年的迁徙、冲突与相互适应。百余年的考古工作已出土数以万计的罗马时期人骨,却只有少数背景接受过生物分子分析。 这些遗骸可能保存尚未开发的生物分子信息,但许多在古生物分子研究的标准防护与操作规范建立之前便已被采集。污染是成功获得古DNA和古蛋白质的重要障碍,因此,在开展大规模研究前,先以小型代表性样本评估保存状况,有助于避免不必要的取样。 本研究对罗马尼亚希斯特里亚一处罗马时期墓地的人骨应用古DNA与古蛋白质组技术。遗址位于多瑙河南侧、罗马下默西亚行省边缘。用于牙本质与牙结石取样的个体于20世纪40至80年代出土,此后一直收藏于弗朗西斯克·赖纳研究所。结果表明,牙结石及牙本质中仍保存微生物与人类古DNA。我们还从三名个体的牙釉质中成功检出性别特异性的釉原蛋白肽,其中包括一名未成年人。 这些结果令人鼓舞,表明未来对该批遗骸开展古DNA和古蛋白质组研究具有可行性。分析也显示,基因组与蛋白质组方法的性别判定可能与传统骨骼学判断不同。研究不仅加深了对这些个体生活的认识,也为探索罗马吞并对当地人群的影响等更广泛的人类学问题提供了前景。

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揭开匈奴遗产的面纱:通过改良头骨的独特儿童墓葬解码波兰精英阶层的存在

Unveiling Hunnic Legacy: Decoding Elite Presence in Poland through a Unique Child's Burial with Modified Cranium

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中国北周武帝的古基因组

Ancient genome of the Chinese Emperor Wu of Northern Zhou

Panxin Du · Current Biology

鲜卑统治的北周王朝武帝宇文邕(公元543至578年),改革府兵制度、平定突厥并统一中国北方,其遗传背景、外貌和潜在疾病受到广泛关注。本研究获得了覆盖度为0.343倍的武帝基因组,在1240k位点面板上包含1011419个单核苷酸多态性位点。 通过分析色素相关位点,并基于颅骨CT进行面部重建,我们推断武帝具有典型的东亚或东北亚外貌。致病相关位点提示,他可能对脑卒中等疾病具有较高易感性。其遗传关系最接近古代契丹、黑水靺鞨以及现代达斡尔族和蒙古族,同时也表现出与黄河农耕人群的额外亲近关系。 我们估计,武帝约61%的祖源来自古代东北亚人群,接近三分之一来自黄河农耕相关群体,这可能反映鲜卑皇族与当地汉族贵族长期通婚。不同地区已知古代鲜卑个体之间还存在遗传多样性,提示鲜卑的形成是持续受到周边人群混合影响的动态过程。

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考古遗传学分析揭示匈牙利阿巴王室的父系起源于东欧亚大陆

Archaeogenetic analysis revealed East Eurasian paternal origin to the Aba royal family of Hungary

Gergely I.B. Varga · iScience

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早期凯尔特精英王朝继承的证据

Evidence for dynastic succession among early Celtic elites

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上伏尔加文化层人骨的考古基因组揭示其与东欧狩猎采集者及欧洲中石器—新石器时代人群的密切联系

Archaeogenomics of humans from the layer of the Upper Volga Culture revealed their greatest genetic similarity with Eastern European hunter-gatherers and ancient representatives of Mesolithic/Neolithic Europe

T.V. Andreeva · VESTNIK ARHEOLOGII, ANTROPOLOGII I ETNOGRAFII

由于可供研究的材料较少,北欧中石器时代至新石器时代人群的遗传结构仍缺乏充分认识。本研究首次分析雅罗斯拉夫尔州上伏尔加地区伊万诺夫斯科耶Ⅶ多层遗址一名个体的完整基因组。根据地层记录,一具缺少下颌骨的成年男性颅骨出土于含有上伏尔加早期新石器文化陶器的第Ⅱ层。颅骨胶原的加速器质谱测年,在1σ、即68%概率范围内的校正年代为距今6588至6498年,对应中石器时代晚期;含第Ⅱ文化层的泥炭年代为距今6000至7000个放射性碳年。 研究旨在明确这一DM5个体在欧洲中石器及新石器时代遗传格局中的位置。结果显示,其遗传特征完全落在东部狩猎采集者(EHG)的遗传多样性范围内。线粒体单倍群U5a2+16294和Y染色体单倍群R1b1a1支持其与欧洲古代中石器时代人群的遗传联系。DM5在线粒体DNA第54位的额外替换,与英国和法国该线粒体单倍群的最早古代样本相同,提示可能存在一位更早、属于旧石器时代晚期的共同祖先,其所在地可能为西欧。 DM5与多个在地理和年代上分离的古代群体聚类:包括东欧北部中石器时代狩猎采集者,如卡累利阿南鹿岛、沃洛格达州米尼诺Ⅰ和Ⅱ、阿尔汉格尔斯克州佩夏尼察和波波沃;伏尔加河中游的早期中石器时代西杰尔基诺个体与萨马拉州列比亚任卡铜石并用时代个体;以及年代更晚的特维尔州亚济科沃Ⅰ早期新石器时代、沃洛格达州卡拉瓦伊哈中期新石器时代,和卡马河河口附近穆尔济欣斯基Ⅱ墓地铜石并用时代文化层的人群。 这些数据不排除上伏尔加文化具有本地中石器时代根源的可能性,提示欧洲最古老的基因库在俄罗斯平原中部得以长期保存。

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蒙古东部的中世纪基因组在过去一千年中具有稳定的遗传特征 - 更新中

Medieval genomes from eastern Mongolia share a stable genetic profile over a millennium

Juhyeon Lee · Human Population Genetics and Genomics

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