古DNA研究前沿

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古代DNA揭示新石器时代中国存在一个双氏族母系社群

Ancient DNA reveals a two-clanned matrilineal community in Neolithic China

Jincheng Wang · Nature

对墓地古代DNA的研究为早期人类社会提供了宝贵的见解，并有力地表明了父系居住模式的存在。本研究分析了中国东部富岳考古遗址两处独立墓地中60位个体的古代DNA、考古背景以及多种稳定同位素数据，这些墓地的年代介于公元前2750年至2500年之间。研究结果表明，新石器时代早期就存在一个已知的母系社会，其特征是高度的族内通婚，以及沿海地区以小米种植为主的农业活动。两处墓地中个体间的通婚证据，以及严格按照母系氏族划分的初葬和二次葬，都凸显了富岳地区强烈的社会凝聚力和认同感。基于放射性碳测年的贝叶斯模型分析表明，这两处墓地的使用时间约为250年，这意味着至少存在一个延续了10代的稳定母系血统。这项研究为人类学和考古学中正在进行的辩论做出了贡献11，不仅表明早期人类历史上存在母系社会，而且还揭示了围绕两个母系氏族组织的两个新石器时代墓地，从而加深了我们对人类社会通过亲属制度早期演变的理解。

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从古人类基因组推测新石器时代红山人的遗传形成及红山文化的人口扩张

Genetic formation of Neolithic Hongshan people and demic expansion of Hongshan culture inferred from ancient human genomes

Rui Wang · Molecular Biology and Evolution

这里我们报道了河北省郑家沟遗址 19 名红山文化相关个体的全基因组数据，郑家沟遗址是迄今为止发现的最西边和最南边的红山文化相关遗址。

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古基因组揭示新石器时代晚期黄河中游的复杂人群互动

Ancient genomes reveal complex population interactions in the middle Yellow River basin during the Late Neolithic period

Zishuai Huang · Genomics

新石器时代晚期，黄河中游是中原与北方草原之间文化交流的前沿地区。这一时期兴起的陶寺、石峁和芦山峁等重要遗址，在中华早期文明形成过程中发挥了重要作用。本研究报告了来自这三处遗址8名个体的古基因组数据。 群体遗传分析表明，这些个体的祖源主要与中原仰韶文化人群相关，同时具有东北亚祖源的补充。我们还在芦山峁遗址发现一名遗传离群个体，其东北亚祖源比例较高，遗传背景与红山文化人群相似。 这些发现更细致地描绘了中国北方新石器时代晚期的遗传交流与人口迁徙，并提示不同区域人群之间可能存在跨区域互动。

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皮亚斯特王朝的基因画像

The genetic portrait of the Piast Dynasty

本项目旨在揭示波兰历史上第一个统治王朝——皮亚斯特王朝（统治时期为10世纪至14世纪）的基因图谱。本研究运用先进的基因分析技术，包括对古代遗骸的DNA测序，力图揭示皮亚斯特王朝统治者的遗传特征和祖先起源。这项研究不仅有助于深入了解欧洲早期王朝之一的基因构成，也为探究中世纪欧洲更广泛的历史和迁徙模式提供了重要见解。本项目的成果有望加深我们对早期欧洲王朝历史的理解，并为遗传学、考古学和中世纪研究领域做出贡献，从而丰富我们对文化和生物遗产的认识。

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云南史前基因组揭示与藏族和南亚语系人群相关的祖先

Prehistoric genomes from Yunnan reveal ancestry related to Tibetans and Austroasiatic speakers

Tianyi Wang · Science

东亚和东南亚的人类景观极其复杂，尽管东亚古代人类的基因采样有所增加，但成功获取东亚南部史前人类全基因组数据却寥寥无几。我们从中国云南采集了283具人类遗骸样本，其中147具在本研究中成功测序并分析。在排除20个可用SNP少于20,000个的个体后，我们获得了127个个体的遗传信息。

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古代基因组揭示了玛雅古典时期的人口轨迹

Ancient genomes reveal demographic trajectories during the Classic Maya period

Madeleine Murray · Current Biology

科潘是古典玛雅文明东南端的重要都城，是连接中美洲和南美洲的十字路口。公元426/427年，这座城市见证了一个王朝的建立，持续了约400年。尽管拥有丰富的历史和考古记录，但关于居住在科潘的人们的基因图谱的信息仍然有限。本文，我们展示了七位古典科潘个体的基因组，其中包括一位潜在的统治王朝成员和一位随行的祭祀墓葬。我们的分析表明，与古典科潘文化相关的人群与来自伯利兹的晚期古风时期人群、奇琴伊察的古典玛雅末期人群、坎佩切的殖民时期玛雅人群以及现今的玛雅人群（均来自墨西哥）形成了一个基因簇。以晚古风时期的伯利兹作为当地血统的来源，我们发现，从古典时期早期至中期开始，与墨西哥高地人群相关的血统不断涌入，这凸显了基因流动在古典玛雅国家形成过程中所发挥的作用。对有效人口规模的估计表明，在古典时期末期，随着古典玛雅文明经历了广泛的动荡和崩溃，人口规模有所下降。

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古基因组揭示东周时期中原地区遗传结构与人群相互作用

Ancient genomes reveal the genetic structure and population interaction in the Central Plains of China during the Eastern Zhou Period

Xiyan Wu · Frontiers in Microbiology

东周时期（公元前770-256年）是中国古代社会变革的时期，社会阶层分化加剧，战乱频发，人口流动频繁。西虢国作为西周时期重要的诸侯国，随周平王东迁，最终被晋国​​所灭。由于基因组数据有限，虢国人群的遗传历史尚不清楚。位于河南省义马市的上石河墓地被推测与虢国有关，为了解这一时期的遗传动态提供了机会。我们在研究中成功获取了上石河墓地13个古基因组。我们的研究结果表明，上石河人群存在显著的母系和父系遗传多样性，尽管这一观察结果受到样本量较小的限制。群体基因组分析表明，上石河个体主要来自黄河流域相关血统，少量来自东亚南部相关血统和欧亚草原相关血统。这一遗传图谱反映了东周时期中原地区与周边人群的广泛互动。此外，虽然在不同埋葬方位的个体中观察到不同的Y染色体单倍群，但常染色体分析未发现明显的遗传分化，表明群体内部总体遗传同质性。这些结果不仅阐明了虢国群体的遗传特征，也为研究东周时期中原地区的人口动态和文化交流提供了新的遗传学视角。

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通过对圣特雷登市十世纪古基因组学的研究，揭示了中世纪低地国家的城市化和遗传同质化进程。

Urbanization and genetic homogenization in the medieval Low Countries revealed through a ten-century paleogenomic study of the city of Sint-Truiden

Owyn Beneker · Genome Biology

背景 对于塑造当今高度城市化北欧人口结构的各种过程，我们仍然知之甚少。我们对目前可观察到的区域差异何时以及如何出现，以及中世纪及其后城市发展、人口迁移和疾病大流行对这些过程的影响，仍然缺乏了解。 结果 我们对比利时北部弗兰德斯地区圣特雷登市338位个体的基因组进行了低覆盖率测序，这些个体的年龄跨越了公元8世纪至18世纪。早期/盛期中世纪的圣特雷登人口构成更为复杂，曾接纳来自苏格兰或爱尔兰的移民，其遗传相关性低于当今弗兰德斯地区居民之间的遗传相关性。我们发现，高卢血统和日耳曼血统的个体在与高维生素D血统相关的基因变异方面存在差异。尽管我们在58座中世纪晚期墓葬中的5座墓葬中发现了鼠疫耶尔森菌感染的证据，但我们未能检测到第二次鼠疫大流行对遗传多样性或免疫基因分化程度的显著影响。 结论 本研究揭示，低地国家中世纪城市人口的遗传同质化过程持续了数个世纪。随着时间的推移，圣特雷登的人口与周边林堡省的现代人口越来越相似，这可能是由于中世纪盛期后长途迁徙减少，以及日耳曼人和高卢人血统在当地持续混合所致，最终形成了如今在低地国家可观察到的遗传渐变线。

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古代 DNA 表明，伊朗北部高原存在 3000 年的基因连续性，从铜器时代到萨珊帝国

Ancient DNA indicates 3,000 years of genetic continuity in the Northern Iranian Plateau, from the Copper Age to the Sassanid Empire

Motahareh Ala Amjadi · Scientific Reports

在本研究中，我们展示了来自伊朗高原史前和古代人群的全新古代DNA数据。通过分析来自伊朗九个考古遗址的50个样本，我们报告了23个新测序的线粒体基因组和13个核基因组，时间跨度为公元前4700年至公元1300年。我们整合了一系列先前发表的西亚和中南亚古代DNA数据集的参考样本，以增强我们对古代伊朗人群遗传连续性和多样性的理解。一个新的早期铜石并用时代样本，其年代早于所有其他来自伊朗的铜石并用时代基因组，主要显示了新石器时代早期伊朗人的遗传血统。这一发现反映了扎格罗斯地区及其周边地区长期的文化和生物连续性，同时也反映了一些西方遗传影响的证据。我们的样本选择优先考虑伊朗北部，尤其关注阿契美尼德王朝、帕提亚王朝和萨珊王朝时期（公元前355年至公元460年）。来自该地区的历史样本的基因图谱表明，它们处于波斯高原东西向遗传谱系的中间体。它们还与当地及中南亚青铜时代人群表现出密切的联系，突显了这些地区之间持久的遗传联系。对伊朗高原单亲谱系的历时分析进一步凸显了从史前到现代的人口稳定性。

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皮库里斯普韦布洛人的口述历史与基因组揭示美国西南部的人群延续性

Picuris Pueblo oral history and genomics reveal continuity in US Southwest

Thomaz Pinotti · Nature

原住民群体在依据口述历史主张祖先权利与文化归属时，经常面临重大挑战，尤其是在长期低估这类叙事价值的美国。虽然古DNA可以补充传统知识、填补口述历史中的空白，但长期以来对原住民主权和信仰的忽视，使许多原住民社区对DNA研究产生了可以理解的不信任。早期研究往往关注遗骸归还诉求，而近年来的工作则越来越重视丰富部族自身的历史。 本研究由美国联邦承认的主权原住民部族——新墨西哥州北里奥格兰德地区的皮库里斯普韦布洛人——发起，通过合作研究填补传统知识中的空白，进一步认识其人口历史和祖源。我们获得了16名古代皮库里斯个体及13名现今部族成员的基因组，形成跨越过去一千年的遗传数据。 结果表明，古代与现今皮库里斯人之间存在遗传延续性，并且与西侧275公里处查科峡谷普韦布洛博尼托的祖先普韦布洛人具有更广泛的连续联系，支持北美西南部这些普韦布洛人群之间稳固的时空关联。我们未发现欧洲人到来之前人口衰退的证据，也未在公元1500年以前的个体中发现阿萨巴斯卡相关祖源，这对既有迁徙假说提出了挑战。本研究优先保障原住民对遗传数据的控制权，并将口述传统、考古学、民族志与遗传学结合起来。

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维尔吉纳大古墓一号墓（“珀尔塞福涅之墓”）的历史和墓主人的新科学证据

New scientific evidence for the history and occupants of tomb I (“Tomb of Persephone”) in the Great Tumulus at Vergina

维尔吉纳（埃盖）大古墓被认为是马其顿国王的皇家墓葬群。在其地下发现了四座陵墓，分别被标记为一号、二号、三号和四号。关于这些“皇家陵墓”中人物的身份，人们提出了几种假设，但均缺乏科学依据。我们提供了一号墓（“珀尔塞福涅之墓”）的新数据，该墓葬中发现了土葬（未焚烧）、原位和混合的成人骨骼遗骸，以及混合的非成人骨骼和动物骨骼。我们运用了一系列科学技术，包括放射性碳测年、古DNA（aDNA）、锶和稳定碳氮同位素分析，并结合对一号墓中发现的成人和非成人骨骼进行的骨学和牙科学观察，为该墓葬中埋葬人员的埋葬日期、性别、死亡年龄和来源提供了确凿的证据。我们的结果表明，除四块骨骼被鉴定为女性外，根据aDNA和骨骼学结果，所有成年人骨骼均为男性，且属于一名25-35岁、身高约167厘米的男性。放射性碳测年将这座墓葬的年代定为公元前4世纪上半叶，具体为公元前400至367年之间，通过应用潜在的胶原蛋白偏移校正，其年代稍晚为公元前388-356年。女性骨骼的年代也属于同一时期。然而，所有非成年人和动物骨骼的年代均属罗马时期，最早为公元前150年，最晚为公元130年。因此，这些与最初的成年人墓葬无关。男性居住者很可能是阿吉德/泰梅尼德王朝的一位重要马其顿王室成员，卒于公元前388-356年，可能在上方的神殿中受到尊崇或崇拜，并可能与一位女性合葬。此前认为这具骸骨属于腓力二世、他的妻子克利奥帕特拉和新生儿的说法，在科学上站不住脚。

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布匿人基因多样，几乎没有黎凡特人的祖先

Punic people were genetically diverse with almost no Levantine ancestors

Harald Ringbauer · Nature

来自黎凡特的海上腓尼基文明在公元前一千年改变了整个地中海。然而，由于缺乏全面的古代 DNA 研究，黎凡特腓尼基人的故乡与中西地中海的腓尼基-布匿人定居点之间的人类流动程度尚不清楚。我们为 210 人生成了全基因组数据，其中 196 人来自黎凡特、北非、伊比利亚、西西里、撒丁岛和伊比沙岛的 14 个传统上被认定为腓尼基人和布匿人的地点，还有一名来自阿尔及利亚的早期铁器时代个体。尽管有大量考古证据表明黎凡特腓尼基人与中西地中海的布匿人之间存在着密切的文化、历史、语言和宗教联系，但他们对公元前 6 世纪至公元前 2 世纪生活在布匿人定居点的人们几乎没有做出遗传贡献。相反，这些黎凡特腓尼基文化的继承者的大部分祖先来自与西西里岛和爱琴海地区具有相似遗传特征的人群。剩余的祖先大部分来自北非，反映了迦太基日益增长的影响力；然而，在所有采样地点，包括迦太基本身，这都是祖先的少数贡献者。地中海中部和西部的不同布匿人遗址显示出类似的高遗传多样性模式。我们还发现了地中海各地的遗传关系，反映了塑造布匿人世界各地人口的共同人口过程。

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西班牙安特克拉孟加支石墓早期中世纪土葬的遗传学和历史视角

Genetic and historical perspectives on the early medieval inhumations from Menga Dolmen, Antequera (Spain)

孟加支石墓是联合国教科文组织世界遗产——安特克拉（西班牙马拉加）的一部分，始建于公元前四千年的新石器时代，但其历史悠久，可追溯至各个历史时期。我们分析了两位被埋葬在支石墓中庭的个体的DNA，经放射性碳年代测定，年代可追溯至公元8至11世纪，与支石墓的对称轴对齐。

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海岛古基因组揭示中国北方的动态人群互动

Island ancient genomes reveal dynamic populations interactions in the northern China

Xu Zhang · Frontiers in Microbiology

龙山时期（公元前2500至1900年）是中国中部社会转型的重要阶段，复杂社会结构和早期国家开始出现。人群流动可能在这些变化中发挥作用，但这一时期迁徙的规模与性质仍不清楚。以往龙山文化人群的古DNA研究主要集中于山东内陆个体，海岛人群的古DNA数据尚属空白。本研究首次对砣矶岛与龙山文化及其后的岳石文化相关个体开展古DNA分析。 结果显示，尽管山东内陆龙山文化的影响广泛传播，砣矶岛个体的遗传祖源主要仍与此前的大汶口文化人群相关，并具有与中国南方沿海地区相联系的额外祖源。这提示，在龙山时期之前，已经有人群迁入砣矶岛。龙山时期岛上龙山文化器物的传播，似乎主要反映观念扩散，而非内陆人群大规模迁入并发生混合。 研究还表明，砣矶岛龙山文化与岳石文化人群之间存在遗传延续性。岛上人群受到沿海地区的遗传影响多于内陆，凸显沿海迁徙的动态特征；相比之下，龙山时期内陆人群未显示来自邻近区域的显著遗传输入。本研究增进了对中国新石器时代史前人群的理解，也为认识这一关键时期的迁徙与文化交流模式提供了新的视角。

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古代DNA揭示了公元前五千年喀尔巴阡盆地的多样化社区组织

Ancient DNA reveals diverse community organizations in the 5th millennium BCE Carpathian Basin

Anna Szécsényi-Nagy · Nature Communications

我们利用125名此前未曾报道过的个体的全基因组数据，对居住在喀尔巴阡盆地的新石器时代晚期和铜器时代早期的人群进行了全面的遗传学研究。通过群体遗传学、亲属关系分析以及对血统单倍型片段共享网络的研究，我们阐明了公元前4800年至公元前3900年之间这些群体的社会和遗传动态。尽管定居模式、埋葬习俗和物质文化发生了变化，但我们记录到了高度的遗传连续性。我们分析的一组来自大型社区墓地的个体在遗传上具有多样性，而另一处遗址则更加同质化和封闭，存在众多血亲关系，并存在父系和父居现象的证据。这些结果记录了在同时代、使用相似物质文化、居住地仅相距约100公里的早期铜器时代社区中截然不同的亲属关系体系。

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使用全基因组研究斯里兰卡土著阿迪瓦西人和僧伽罗人的人口历史

Population histories of the Indigenous Adivasi and Sinhalese from Sri Lanka using whole genomes

斯里兰卡在南亚人类的迁徙过程中扮演着关键角色，考古证据表明，早在约四万年前，人类就在岛上存在。如今岛上的原住民阿迪瓦西人被认为是该地区早期居民的后裔，而像岛上主要族群僧伽罗人这样的城市人口，则是在历史时期从印度迁徙而来。利用来自两个氏族的 19 名阿迪瓦西人和 35 名僧伽罗人的全基因组，我们发现阿迪瓦西人和僧伽罗人彼此之间以及与其他斯里兰卡和印度人群（尤其是与南印度祖先 (ASI) 具有更高遗传亲和力的人群）具有高度的遗传相似性。对斯里兰卡各族群的混合建模显示，尽管拥有共同的祖先成分，但与僧伽罗人相比，阿迪瓦西人保留了更多来自古代狩猎采集者的遗传贡献。此外，与僧伽罗人相比，阿迪瓦西人一直保持着较低的有效人口规模，并经历了多次奠基事件，这与他们的狩猎采集生活方式、历史上的迁徙以及栖息地破碎化相符。虽然这两个阿迪瓦西部族在基因上比其他任何族群都更相似，但我们观察到了不同的人口历史：自分裂以来，内陆阿迪瓦西人比沿海阿迪瓦西人经历了更严重的“瓶颈效应”。这项基于全基因组的研究通过阐明受人口和社会文化因素共同影响的复杂人口结构，填补了我们对斯里兰卡两个关键族群的人口和迁徙历史，乃至整个南亚地区理解上的空白。

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中国西南部的古代基因组揭示了历史时期不同人群之间的遗传相互作用

Ancient genomes in Southwest China revealed genetic interactions among diverse populations in the historical period

Wen Wan · BMC Biology

中国西南地区在农业传播、族群形成及文化扩散中具有关键地位，然而该地区的遗传多样性及人群结构，尤其是历史时期的相关研究仍存在诸多空白。本文报道了贵州松山遗址出土的8例宋明时期古代个体的全基因组数据。分析显示，松山古代个体主要与黄河流域农业人群存在紧密遗传联系，同时亦显示出与东亚南部地区（包括广西、福建沿海及东南亚古代人群）的显著基因交流。此外，部分个体与当地苗瑶语族群呈现高度遗传亲和性。这些发现揭示了历史时期西南地区复杂的遗传互动与人群迁徙图景，为深入理解该地区遗传结构特征及族群形成过程提供了新的见解。

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瑞典克罗南战舰沉船中的 17 世纪个体

17th century individual from Kronan warship wreck

1676年7月1日，战舰“克罗南号”（Kronan）在厄兰岛南岸附近的波罗的海沉没。超过800名水兵和士兵随船沉没。当时，“克罗南号”是瑞典最大的船只，也是世界上最大的船只之一。“克罗南号”的沉没以及随后海战的失败，对瑞典来说无疑是一场真正的灾难。今天，我们仍然必须铭记，克罗南号是数百名遇难者的墓地，但它也是一处丰富的考古遗址，我们借此了解17世纪的北欧。作为“克罗南号”调查的一部分，其中一项项目是对一名船员进行复原。在骨科、遗传学以及一位技艺精湛、将科学与艺术相结合的雕塑家的帮助下，我们得以以我们认为可信且基于事实的方式，重现了一名船员的面容。这张脸以及它所基于的骨骼材料目前正在卡尔马郡博物馆展出。这让我们能够比几年前想象的更近距离地接触这位17世纪的水手。